Descrizione del progetto
L’epigenomica del plasma come estensione delle tecnologie di biopsia liquida
Il DNA genomico trasporta una moltitudine di modifiche post-traslazionali che riflettono gli stati trascrizionali delle cellule. Alla morte cellulare, la cromatina frammentata che conserva le modifiche degli istoni è rilasciata in circolazione. Il progetto cfChIP, finanziato dall’UE, intende ricavare informazioni epigenomiche dal plasma e tradurle in risultati medici rilevanti attraverso la biopsia liquida e l’immunoprecipitazione della cromatina di nucleosomi privi di cellule con i marchi della cromatina seguiti da sequenziamento (cfChIP-seq). Lo studio precedente ha dimostrato che il sequenziamento cfChIP-seq fornisce informazioni epigenetiche multidimensionali sull’identità e sullo stato trascrizionale delle cellule di origine. Il progetto esaminerà campioni di plasma prelevati da pazienti e donatori ed eseguirà parallelamente una modellizzazione probabilistica per trovare le correlazioni tra le espressioni geniche dei tessuti e i profili di cromatina circolanti, nonché per osservare i cambiamenti del sistema immunitario con il progredire della malattia e la risposta ai trattamenti.
Obiettivo
Genomic DNA is packaged by histone proteins that carry a multitude of post-translational modifications, which reflect cellular transcriptional states. When cells die, fragmented chromatin retaining histone modifications is released to the circulation. Recently, we pioneered chromatin immunoprecipitation of cell-free nucleosomes carrying active chromatin marks followed by sequencing (cfChIP-seq). Our results show that cfChIP-seq provides multidimensional epigenetic information and that the plasma epigenome contains rich information about the identity and the transcriptional state of the originating cells.
Liquid biopsies already entered the clinical practice, yet current methodologies use them to assess genetic information. Our breakthrough methodology opens an unprecedented opportunity to delineate the transcriptional state of specific cell types and different pathologic states. Here we aim to translate plasma epigenomic information into medically relevant findings. The challenge is recovering the states of the cells represented in the circulation and relate these to pathological processes. Our working hypothesis is that this task is attainable by probabilistic modeling exploiting knowledge about epigenomics and transcription programs in health and disease. In this project we will assay plasma samples from multiple patient and donor cohorts to characterize the relation between tissue gene expression and circulating chromatin profiles, to recover the immune system status and chart how it changes with disease progression and response to treatment, and to monitor transplant patients for early detection of rejection.
Our extensive preliminary data, our expertise in probabilistic modeling and genomics and our collaborators’ access to relevant patient cohorts support the projects’ feasibility. Plasma epigenomics will open a new non-invasive window into tissue dynamics in living humans, beyond current liquid biopsy technologies, with far-reaching medical implications.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- scienze naturaliscienze biologichegeneticaDNA
- scienze naturaliscienze biologichebiochimicabiomolecoleproteine
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