Projektbeschreibung
Wurzelmikroben auf den Grund gegangen
Das Wurzelmikrobiom besitzt vielversprechende Eigenschaften, die Pestizide und Düngemittel ersetzen und die moderne Landwirtschaft revolutionieren könnten. Die bodenphysikochemische Komplexität und eine außerordentlich komplexe biotische Umwelt führen jedoch zu Hindernissen, die nur mit Methoden mit hoher räumlicher und zeitlicher Auflösung überwunden werden können. In Kombination mit synthetischen Bakteriengemeinschaften könnten solche Methoden ein mechanistisches Verständnis der Bakterienansiedlung in der Rhizosphäre ermöglichen. Vor diesem Hintergrund wird das EU-finanzierte Projekt ROOBABAA unterschiedliche, sich dynamisch entwickelnde Mikronischen für die bakterielle Besiedlung der Wurzel charakterisieren. Das Projekt wird sich in seiner Arbeit auf die umfassende Nutzung von fluoreszenten mikrobiellen Markerstämmen, die Beobachtung des bakteriellen Stoffwechsels und die Nachverfolgung von bakterieller Vermehrung und Taxien stützen. Dadurch werden die Forschenden die nötigen Erkenntnisse gewinnen, um mikrobielle Wirkstoffe mit Erfolg in der Landwirtschaft einsetzen zu können.
Ziel
Root microbiome research is motivated by the promise of using growth-promoting, disease-suppressive bacteria as transferable, protective agents in agriculture. Yet, such approaches have not realized their potential as pesticide or fertilizer alternatives. Major obstacle are soil physico-chemical complexity and a staggeringly complex biotic environment. Recent establishments of synthetic communities promise to enable mechanistic understanding of bacterial establishment in the rhizosphere. However, current methods crucially lack in spatial and temporal resolution. The root is an assembly of dynamically evolving, distinct micro-niches for bacterial colonization that I propose to characterize by extensive use of fluorescent microbial marker strains, monitoring of bacterial metabolism and tracing of proliferation and taxis. This is complemented by precise manipulations of root development. The fractal, open-growth of roots must result in rapid changes in nutrient composition and cycles of nutrient abundance and restriction, forcing bacteria to oscillate between different survival strategies. These fundamental aspects of micro-niche formation, change and collapse are largely undescribed, yet central to understand success or failure of bacterial colonization. I propose to visualize and dissect these processes by combining cutting-edge tools for visualization, optical and genetic manipulations of both plant and bacteria. Bacterial model systems will be inserted into defined bacterial culture collections and results from mono-associations will be challenged by soil-based gnotobiotic systems and high-resolution community profiling. This project will reveal central, dynamic aspects of bacteria-root interactions within a realistic, time-resolved framework of root development. This knowledge will be crucial for progressing to a mechanistic understanding of root bacteria interaction and the reliable use of bacterial agents in agriculture by predictive design of bacterial niches.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht.
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- AgrarwissenschaftenLandwirtschaft, Forstwirtschaft und FischereiLandwirtschaft
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Finanzierungsplan
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1015 LAUSANNE
Schweiz