Descrizione del progetto
Portare alla luce i microbi delle radici
Alcune proprietà promettenti del microbioma delle radici potrebbero aiutare a sostituire i pesticidi e i fertilizzanti, rivoluzionando l’agricoltura moderna. Tuttavia, la complessità fisico-chimica del terreno e un ambiente biotico straordinariamente complesso costituiscono ostacoli da affrontare con metodi a elevata risoluzione spaziale e temporale. In combinazione con comunità batteriche di sintesi, ciò potrebbe agevolare una comprensione meccanicista dell’instaurazione dei batteri nella rizosfera. Il progetto ROOBABAA, finanziato dall’UE, caratterizzerà le micronicchie distinte e in constante evoluzione per la colonizzazione batterica della radice. I ricercatori faranno un uso esteso di ceppi di marcatori microbici fluorescenti, monitoreranno il metabolismo batterico e tracceranno la proliferazione e la tassia, al fine di ottenere le conoscenze necessarie per permettere l’utilizzo effettivo di agenti microbici in agricoltura.
Obiettivo
Root microbiome research is motivated by the promise of using growth-promoting, disease-suppressive bacteria as transferable, protective agents in agriculture. Yet, such approaches have not realized their potential as pesticide or fertilizer alternatives. Major obstacle are soil physico-chemical complexity and a staggeringly complex biotic environment. Recent establishments of synthetic communities promise to enable mechanistic understanding of bacterial establishment in the rhizosphere. However, current methods crucially lack in spatial and temporal resolution. The root is an assembly of dynamically evolving, distinct micro-niches for bacterial colonization that I propose to characterize by extensive use of fluorescent microbial marker strains, monitoring of bacterial metabolism and tracing of proliferation and taxis. This is complemented by precise manipulations of root development. The fractal, open-growth of roots must result in rapid changes in nutrient composition and cycles of nutrient abundance and restriction, forcing bacteria to oscillate between different survival strategies. These fundamental aspects of micro-niche formation, change and collapse are largely undescribed, yet central to understand success or failure of bacterial colonization. I propose to visualize and dissect these processes by combining cutting-edge tools for visualization, optical and genetic manipulations of both plant and bacteria. Bacterial model systems will be inserted into defined bacterial culture collections and results from mono-associations will be challenged by soil-based gnotobiotic systems and high-resolution community profiling. This project will reveal central, dynamic aspects of bacteria-root interactions within a realistic, time-resolved framework of root development. This knowledge will be crucial for progressing to a mechanistic understanding of root bacteria interaction and the reliable use of bacterial agents in agriculture by predictive design of bacterial niches.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.
- scienze naturaliscienze biologichemicrobiologiabatteriologia
- scienze agricoleagricoltura, silvicoltura e pescaagricoltura
È necessario effettuare l’accesso o registrarsi per utilizzare questa funzione
Parole chiave
Programma(i)
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
ERC-ADG - Advanced GrantIstituzione ospitante
1015 LAUSANNE
Svizzera