Predictive computational models for Enzyme Dynamics, Antimicrobial resistance, Catalysis and Thermoadaptation for Evolution and Design

Veröffentlichungen

Comment on: “Computer Simulations Reveal an Entirely Entropic Activation Barrier for the Chemical Step in a Designer Enzyme”

Autoren: Abbie Lear; J. L. Ross Anderson; Donald Hilvert; Vickery L. Arcus; Marc W. van der Kamp; H. Adrian Bunzel; Adrian J. Mulholland
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 13, 2023, Seite(n) 10527–10530, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c01906

Electric Fields Are a Key Determinant of Carbapenemase Activity in Class A β-Lactamases

Autoren: Hira Jabeen, Michael Beer, James Spencer, Marc W. van der Kamp, H. Adrian Bunzel, Adrian J. Mulholland
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 14, 2024, Seite(n) 7166-7172, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c05302

SARS-CoV-2 spike variants differ in their allosteric responses to linoleic acid

Autoren: A Sofia F Oliveira, Deborah K Shoemark, Andrew D Davidson, Imre Berger, Christiane Schaffitzel, Adrian J Mulholland
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Cell Biology, Ausgabe 15, 2023, Seite(n) mjad021, ISSN 1759-4685
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/jmcb/mjad021

"#COVIDisAirborne: AI-enabled multiscale computational microscopy of delta SARS-CoV-2 in a respiratory aerosol"

Autoren: Abigail Dommer, Lorenzo Casalino, Fiona Kearns, Mia Rosenfeld, Nicholas Wauer, Surl-Hee Ahn, John Russo, Sofia Oliveira, Clare Morris, Anthony Bogetti, Anda Trifan, Alexander Brace, Terra Sztain, Austin Clyde, Heng Ma, Chakra Chennubhotla, Hyungro Lee, Matteo Turilli, Syma Khalid, Teresa Tamayo-Mendoza, Matthew Welborn, Anders Christensen, Daniel GA Smith, Zhuoran Qiao, Sai K Sirumalla, Michael O'
Veröffentlicht in: The International Journal of High Computing Applications, Ausgabe 37, 2023, Seite(n) 28-44, ISSN 1094-3420
Herausgeber: SAGE Publications
DOI: 10.1177/10943420221128233

Decrypting Allostery in Membrane-Bound K-Ras4B Using Complementary <i>In Silico</i> Approaches Based on Unbiased Molecular Dynamics Simulations

Autoren: Matteo Castelli; Filippo Marchetti; Sílvia Osuna; A. Sofia F. Oliveira; Adrian J. Mulholland; Stefano A. Serapian; Giorgio Colombo
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 146, 2024, Seite(n) 901-919, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.3c11396

Free energy along drug-protein binding pathways interactively sampled in virtual reality

Autoren: Deeks, Helen M.; Zinovjev, Kirill; Barnoud, Jonathan; Mulholland, Adrian J.; van der Kamp, Marc W.; Glowacki, David R.
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 13, 2023, Seite(n) 16665, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-43523-x

Cooperative Conformational Transitions Underpin the Activation Heat Capacity in the Temperature Dependence of Enzyme Catalysis

Autoren: Emma J. Walker; Carlin J. Hamill; Rory Crean; Michael S. Connolly; Annmaree K. Warrender; Kirsty L. Kraakman; Erica J. Prentice; Alistair Steyn-Ross; Moira Steyn-Ross; Christopher R. Pudney; Marc W. van der Kamp; Louis A. Schipper; Adrian J. Mulholland; Vickery L. Arcus
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 14, 2024, Seite(n) 4379-4394, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.3c05584

Dynamical Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations Identify Allosteric Sites and Positions Associated with Drug Resistance in the SARS-CoV-2 Main Protease

Autoren: H. T. Henry Chan; A. Sofia F. Oliveira; Christopher J. Schofield; Adrian J. Mulholland; Fernanda Duarte
Veröffentlicht in: JACS Au, Ausgabe 3, 2023, Seite(n) 1767–1774, ISSN 2691-3704
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacsau.3c00185

Tautomer-Specific Deacylation and Ω-Loop Flexibility Explain the Carbapenem-Hydrolyzing Broad-Spectrum Activity of the KPC-2 β-Lactamase

Autoren: Catherine L. Tooke; Philip Hinchliffe; Michael Beer; Kirill Zinovjev; Charlotte K. Colenso; Christopher J. Schofield; Adrian J. Mulholland; James Spencer
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 145, 2023, Seite(n) 7166-7180, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c12123

In vitro generated antibodies guide thermostable ADDomer nanoparticle design for nasal vaccination and passive immunization against SARS-CoV-2

Autoren: Dora Buzas, H Adrian Bunzel, Oskar Staufer, Emily J Milodowski, Grace L Edmunds, Joshua C Bufton, Beatriz V Vidana Mateo, Sathish K N Yadav, Kapil Gupta, Charlotte Fletcher, Maia Kavanagh Williamson, Alexandra Harrison, Ufuk Borucu, Julien Capin, Ore Francis, Georgia Balchin, Sophie Hall, Mirella Vivoli Vega, Fabien Durbesson, Renaud Vincentelli, Joe Roe, Linda Wooldridge, Rachel Burt, J L Ross An
Veröffentlicht in: Antibody Therapeutics, Ausgabe 6, 2023, Seite(n) 277-297, ISSN 2516-4236
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/abt/tbad024

Heme binding to the SARS-CoV-2 spike glycoprotein

Autoren: Samuel L Freeman, A Sofia F Oliveira, Andrea E Gallio, Annachiara Rosa, Maria K Simitakou, Christopher J Arthur, Adrian J Mulholland, Peter Cherepanov, Emma L Raven
Veröffentlicht in: Journal of Biological Chemistry, Ausgabe 299, 2023, Seite(n) 105014, ISSN 0021-9258
Herausgeber: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.jbc.2023.105014

An expandable, modular de novo protein platform for precision redox engineering

Autoren: George H Hutchins, Claire EM Noble, H Adrian Bunzel, Christopher Williams, Paulina Dubiel, Sathish KN Yadav, Paul M Molinaro, Rob Barringer, Hector Blackburn, Benjamin J Hardy, Alice E Parnell, Charles Landau, Paul R Race, Thomas AA Oliver, Ronald L Koder, Matthew P Crump, Christiane Schaffitzel, A Sofia F Oliveira, Adrian J Mulholland, JL Ross Anderson
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 120, 2023, Seite(n) e2306046120, ISSN 1091-6490
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2306046120

QM/MM Simulations Reveal the Determinants of Carbapenemase Activity in Class A β-Lactamases

Autoren: Ewa I. Chudyk; Michael Beer; Michael A. L. Limb; Charlotte A. Jones; James Spencer; Marc W. van der Kamp; Adrian J. Mulholland
Veröffentlicht in: ACS Infectious Diseases, Ausgabe 8, 2022, ISSN 2373-8227
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsinfecdis.2c00152

Human cellular model systems of β-thalassemia enable in-depth analysis of disease phenotype

Autoren: Deborah E Daniels; Ivan Ferrer-Vicens; J Hawksworth; Tatyana N Andrienko; Elizabeth M Finnie; Daniel C J Ferguson; A. Sofia F. Oliveira; Jenn-Yeu A. Szeto; Marieangela C Wilson; Jan Frayne
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, Seite(n) 6260, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2022.09.01.506225

Fluctuation relations to calculate protein redox potentials from molecular dynamics simulations

Autoren: Oliveira, A. S. F.; Rubio, J.; Noble, C. E. M.; Anderson, J. L. R.; Anders, J.; Mulholland, A. J.
Veröffentlicht in: J. Chem. Theor. Comput., Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 385-395, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00785

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