Projektbeschreibung
DNA-Methylierung als epigenetische Uhr bei Wildvögeln
Die DNA-Methylierung (DNAm), ein epigenetischer Effekt, hat sich in epidemiologischen Studien als ausgezeichneter Marker für das biologische Alter erwiesen und kann die verbleibende Lebensspanne besser vorhersagen als das chronologische Alter. Die Bestimmung von Faktoren, die zur altersbedingten Methylierung beitragen, ist daher für das Verständnis des gesunden Alterns von entscheidender Bedeutung. Das EU-finanzierte Projekt wildEPIClock wird einen großen Satz biologischer Proben von Wilddohlen (Coloeus monedula) mit bekannter Lebensgeschichte nutzen, die während ihrer gesamten Lebenszeit beobachtet werden, um die Ursachen und Folgen von DNAm-Variationen aufzudecken. Das Projekt wird Evolutionsökologie, quantitative Genetik und Biomedizin miteinander verbinden, um eine epigenetische Uhr zu entwickeln, die es ermöglicht, Veränderungen in der DNAm und deren letztendliche Auswirkungen auf die Gesundheit zu verstehen und extragene Mechanismen der Vererbung und der phänotypischen Evolution in einer ökologisch relevanten Umgebung zu entschlüsseln.
Ziel
DNA methylation (DNAm), an epigenetic effect, changes with age in a site-dependent way. DNAm score, integrating methylation state at many sites, has recently emerged as a superior marker of biological age in epidemiological studies: it predicts remaining lifespan markedly better than chronological age (CA). Identification of factors that contribute to ageing-related methylation has thereby become of importance for understanding healthy ageing. In this project, I will use a large existing set of biological samples of a free-ranging animal (jackdaw, Coloeus monedula) with known life-histories, monitored longitudinally throughout their lives, to reveal causes (experimental approach) and consequences (lifelong monitoring) of DNAm variation. By integrating expertise from evolutionary ecology, quantitative genetics and biomedicine, I will develop an epigenetic clock to build a comprehensive understanding of shifts in DNAm and their ultimate fitness consequences, unravelling extragenic mechanisms of inheritance and phenotypic evolution in an ecologically relevant setup. Specific objectives, implemented through dedicated work packages, are:
O1-Groundwork: Develop an epigenetic clock of CA for wild jackdaws. Method WP1: wet-lab analyses of DNAm and identification of CpG sites where methylation changes with CA to be combined in a DNAm score of age.
O2-Causes: Identify environmental and quantitative (epi)genetic causes of DNAm variation, leveraging a long-term brood size manipulation experiment that affected ageing in parents (mortality) and offspring (telomere dynamics). Method WP2: analysis of longitudinal age-corrected DNAm data and the pedigree.
O3&O4-Consequences: Study the link between the DNAm and its results on life-history traits according to the manipulation (O3,WP3a). Quantify transgenerational epigenetic inheritance (O4, WP3b). Method: longitudinal data analysis of phenotypic traits and transgenerational effects to unravel consequences of variation in DNAm.
Wissenschaftliches Gebiet
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Niederlande