Description du projet
Plateforme informatique pour la caractérisation de la régulation des gènes au niveau unicellulaire
Le développement des technologies unicellulaires a permis de caractériser les types de cellules et les modèles sous-jacents des processus de développement à une résolution plus élevée, tandis que l’intégration des données provenant de différentes analyses «omiques» fournit une image plus différenciée des connexions mécanistiques. Financé par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet GReCS a pour ambition de développer une méthode informatique permettant de comprendre la régulation des gènes au niveau unicellulaire. L’approche intégrera des données concernant le transcriptome et la chromatine ouverte afin de filtrer les informations préalables sur les interactions candidates et de prédire les réseaux de régulation génique spécifiques aux cellules à l’aide de l’apprentissage automatique. La boîte à outils informatique développée sera mise à la disposition de la communauté pour étendre la caractérisation de la régulation des gènes en combinant différents types de données.
Objectif
The advent of single cell technologies has enabled the characterization of cell types and developmental processes. Observations from different cells allow one to identify underlying patterns at higher resolution than convoluted bulk data, and integration of different omics data can yield a more differentiated picture of mechanistic connections. In this proposal, Gene REgulatory Cell States (GReCS) from multi-modal data, I plan to develop a computational method that combines these aspects to generate insights into gene regulation at the level of single cells.
Measurements of chromatin accessibility in single cells are becoming increasingly common. The method I propose to develop combines sc/sn-ATAC- and scRNA-sequencing data to characterize gene regulation. My approach will integrate and use transcriptomics and open chromatin data to filter comprehensive prior information about candidate interactions and predict cell-specific gene regulatory network versions using machine learning, while sparse single cell measurements are imputed using local cell similarities. In this way, rare measurements across cell types and a larger condition space for network inference can be exploited, using the natural potential of chromatin accessibility data as a filter to map interactions into a cell-specific context.
A distinguishing feature of the proposed method is the characterization of local gene regulatory states, which allows the observation of continuous changes throughout a cell-cell similarity embedding. This will be useful to examine changes during cell differentiation and along gradients in spatial reconstructions, for example of embryonic development. The developed methods will be made available to the community as a computational toolkit to improve the characterization of gene regulation by combining different types of data.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques biologie du développement
- sciences naturelles informatique et science de l'information science informatique
- sciences naturelles informatique et science de l'information intelligence artificielle apprentissage automatique
- sciences médicales et de la santé biotechnologie médicale technologies cellulaires
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme -
H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2020
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.