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Multi-view learning and quantitative genetics to identify the molecular basis of adaptation to chemical pollutants

Descrizione del progetto

Adattamento delle popolazioni naturali ai pesticidi

L’uso dei pesticidi in agricoltura rappresenta una pratica diffusa, ma si sa ben poco sui suoi effetti a lungo termine sulle specie fuori bersaglio, quali il zooplancton d’acqua dolce. Il progetto MultiOmicsTox, finanziato dall’UE, si propone di studiare il modo in cui la prolungata presenza di sostanze chimiche nell’ambiente per molte generazioni altera la variazione genetica e influisce sull’evoluzione molecolare. I ricercatori studieranno l’evoluzione della Daphnia nell’arco di 120 anni e metteranno in relazione variazioni molecolari ed esposizione ai pesticidi. Ciò fornirà importanti informazioni sulla reale vulnerabilità delle popolazioni ai pesticidi e sulle loro risposte adattive. Sul lungo periodo, le informazioni prodotte sosterranno la formulazione di adeguate politiche sanitarie e ambientali.

Obiettivo

My project proposes to understand what genetic and functional genomic variation contribute to the process of adaptation and to the evolutionary fate of natural populations when confronted with modern threats, such as multi-generational exposure to a chemical pollutant in the environment. The current environmental health policies and regulatory decisions are based on ad hoc methods and do not reflect true population susceptibility. My solution is to apply multi-view machine learning, combined with quantitative genetics, to analyse a huge volume of multi-omics data to advance Precision Toxicology that brings greater certainty in the causal links between chemicals and their adverse effects. My project focuses on the multi-generational effect of pesticides in shaping genetic variation and the molecular evolutionary trajectory of Daphnia obtained from resurrected subpopulations from within dated lake sediments spanning 120 years. The adaptive phenotypes at different doses of pesticides were scored in common garden experiments and samples were taken to produce associated multi-omics data (genomes, transcriptomes, regulomes and metabolomes). I propose utilizing this data to meet the following two objectives:(1) To use quantitative genetics for the determination of genetic susceptibility of the subpopulation to pesticide exposure; (2) To identify the mechanisms and forms of evolution that result in adaptation, by integrating multi-omics data using multi-view machine learning. Expected outcomes of this work will (a) fill a gap in mechanistic understanding of the adaptive responses of natural populations, (b) identify segregating genetic variation within genomes that regulates the pace and magnitude of an adaptive response to chemical pollutants, and (c) discover putative biomarkers that estimate exposure-related genetic susceptibility of populations to the multi-generational harmful effects of chemicals for setting site-specific controls on chemical pollutants.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2020

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

THE UNIVERSITY OF BIRMINGHAM
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 224 933,76
Indirizzo
Edgbaston
B15 2TT Birmingham
Regno Unito

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Regione
West Midlands (England) West Midlands Birmingham
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

€ 224 933,76
Il mio fascicolo 0 0