Descrizione del progetto
Mappare le reti genetiche a livello monocellulare
Il sequenziamento dell’RNA monocellulare (scRNA-seq) è una nuova tecnologia che consente di indagare sul trascrittoma delle singole cellule. Per quanto l’scRNA-seq abbia fornito degli spunti sulle reti genetiche, non spiega i potenziali vincoli biofisici. Il progetto scNet, finanziato dall’UE, punta a sviluppare un algoritmo di inferenza in grado di prevedere l’impatto in seguito a perturbazioni della delezione dei fattori di trascrizione. I risultati del progetto miglioreranno le nostre conoscenze sui percorsi regolatori nelle cellule e chiariranno il perché molecole diverse interagiscono l’una con l’altra. Ma soprattutto, scNet aiuterà a mappare le reti di comunicazione genetiche a livello monocellulare, un obiettivo fino ad oggi irraggiungibile a causa dei limiti metodologici.
Obiettivo
Regulatory processes within living cells have long been the topic of research interest and the key to understanding various diseases. The decades of studies resulted in a large body of knowledge on molecular interactions and regulatory pathways in the cells of model organisms ranging from microorganisms to mammals. Nevertheless, accurately inferring gene network topology at the scale of a whole cell has remained an intractable task until recently, mostly due to the large amount of single-cell data needed for such inference. In the last few years, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) technology enabled measuring transcriptome of high numbers of individual cells, which allowed observing a much grater share of the multidimensional parameter space of large gene networks and gave rise to multiple inference methods. However, none of the existing methods incorporates all relevant knowledge on biophysical constraints. This project aims to incorporate prior knowledge on the system; decomposition of measurement, extrinsic and intrinsic noise; and accurate representation of stochastic gene expression and its regulation into a Bayesian inference framework for identifying topology of a gene network and rate constants of its molecular interactions. The performance of the inference algorithm will be tested by evaluating its ability to predict the effects of transcription factor deletion perturbations. Enhancing gene network inference by accounting for the wealth of known biophysical constraints could provide insights into the gene regulatory processes that would enable advancement in developmental and evolutionary biology, biomedicine and bioengineering.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali matematica matematica applicata statistica e probabilità statistica bayesiana
- scienze naturali matematica matematica pura topologia
- scienze naturali scienze biologiche biologia evoluzionistica
È necessario effettuare l’accesso o registrarsi per utilizzare questa funzione
Siamo spiacenti… si è verificato un errore inatteso durante l’esecuzione.
È necessario essere autenticati. La sessione potrebbe essere scaduta.
Grazie per il tuo feedback. Riceverai presto un'e-mail di conferma dell'invio. Se hai scelto di ricevere una notifica sullo stato della segnalazione, sarai contattato anche quando lo stato della segnalazione cambierà.
Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
-
H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo programma -
H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo programma
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2020
Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bandoCoordinatore
Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
64289 DARMSTADT
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.