Deep Neuron Embeddings: Data-driven multi-modal discovery of cell types in the neocortex

Informations projet

DeepNeuronEmbeddings

N° de convention de subvention: 101041669

DOI

10.3030/101041669

Date de signature de la CE 8 Février 2022

Date de début 1 Juin 2022

Date de fin 31 Mai 2027

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 500 000,00

Coordonné par

GEORG-AUGUST-UNIVERSITAT GOTTINGEN STIFTUNG OFFENTLICHEN RECHTS
Germany

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Conference proceedings (6)

Learning to cluster neuronal function

Auteurs: Nina S Nellen, Polina Turishcheva, Michaela Vystrčilová, Shashwat Sridhar, Tim Gollisch, Andreas S Tolias, Alexander S Ecker
Publié dans: Advances in Neural Information Processing Systems, 2025
Éditeur: Advances in Neural Information Processing Systems

What should a neuron aim for? Designing local objective functions based on information theory

Auteurs: Schneider, Andreas C.; Neuhaus, Valentin; Ehrlich, David Alexander; Makkeh, Abdullah; Ecker, Alexander S.; Priesemann, Viola; Wibral, Michael
Publié dans: International Conference on Learning Representations (ICLR), 2024
Éditeur: International Conference on Learning Representations (ICLR)
DOI: 10.5281/ZENODO.15510651

The Sensorium competition on predicting large-scale mouse primary visual cortex activity

Auteurs: Willeke, Konstantin F.; Fahey, Paul G.; Bashiri, Mohammad; Pede, Laura; Burg, Max F.; Blessing, Christoph; Cadena, Santiago A.; Ding, Zhiwei; Lurz, Konstantin-Klemens; Ponder, Kayla; Muhammad, Taliah; Patel, Saumil S.; Ecker, Alexander S.; Tolias, Andreas S.; Sinz, Fabian H.
Publié dans: Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS), 2023
Éditeur: Advances in Neural Information Processing Systems (NeurIPS)
DOI: 10.48550/arxiv.2206.08666

Retrospective for the Dynamic Sensorium Competition for predicting large-scale mouse primary visual cortex activity from videos

Auteurs: Polina Turishcheva, Paul G. Fahey, Michaela Vystrčilová, Laura Hansel, ..., Andreas S. Tolias, Fabian H. Sinz, Alexander S. Ecker
Publié dans: Advances in Neural Information Processing Systems, 2024
Éditeur: Advances in Neural Information Processing Systems

Most discriminative stimuli for functional cell type identification

Auteurs: Burg, Max F.; Zenkel, Thomas; Vystrčilová, Michaela; Oesterle, Jonathan; Höfling, Larissa; Willeke, Konstantin F.; Lause, Jan; Müller, Sarah; Fahey, Paul G.; Ding, Zhiwei; Restivo, Kelli; Sridhar, Shashwat; Gollisch, Tim; Berens, Philipp; Tolias, Andreas S.; Euler, Thomas; Bethge, Matthias; Ecker, Alexander S.
Publié dans: International Conference on Learning Representations, 2024
Éditeur: International Conference on Learning Representations

Reproducibility of predictive networks for mouse visual cortex

Auteurs: Polina Turishcheva, Max Burg, Fabian H Sinz, Alexander Ecker
Publié dans: Advances in Neural Information Processing Systems, 2024
Éditeur: NeurIPS Foundation

Other (6)

Bipartite invariance in mouse primary visual cortex

Auteurs: Zhiwei Ding; Dat T. Tran; Kayla Ponder; Erick Cobos; Zhuokun Ding; Paul G. Fahey; Eric Wang; Taliah Muhammad; Jiakun Fu; Santiago A. Cadena; Stelios Papadopoulos; Saumil Patel; Katrin Franke; Jacob Reimer; Fabian H. Sinz; Alexander S. Ecker; Xaq Pitkow; Andreas S. Tolias
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.03.15.532836

MorphOcc: An Implicit Generative Model of Neuronal Morphologies

Auteurs: Laura Hansel, Timo Lüddecke, Marissa A. Weis, Alexander S Ecker
Publié dans: OpenReview, 2023
Éditeur: OpenReview

Willeke, Restivo, Franke, Nix, Cadena, ... Ecker, Sinz & Tolias (2023): Deep learning-driven characterization of single cell tuning in primate visual area V4 unveils topological organization. bioRxiv.

Auteurs: Willeke, K.F., Restivo, K., Franke, K., Nix, A.F., Cadena, S.A., Shinn, T., Nealley, C., Rodriguez, G., Patel, S.S., Ecker, A.S., Sinz, F.H., & Tolias, A.S.
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.05.12.540591

Towards a Foundation Model of the Mouse Visual Cortex

Auteurs: Eric Y. Wang; Paul G. Fahey; Kayla Ponder; Zhuokun Ding; Andersen Chang; Taliah Muhammad; Saumil Patel; Zhiwei Ding; Dat Tran; Jiakun Fu; Stelios Papadopoulos; Katrin Franke; Alexander S. Ecker; Jacob Reimer; Xaq Pitkow; Fabian H. Sinz; Andreas S. Tolias
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.03.21.533548

The Dynamic Sensorium competition for predicting large-scale mouse visual cortex activity from videos

Auteurs: Turishcheva, Polina; Fahey, Paul G.; Hansel, Laura; Froebe, Rachel; Ponder, Kayla; Vystrčilová, Michaela; Willeke, Konstantin F.; Bashiri, Mohammad; Wang, Eric; Ding, Zhiwei; Tolias, Andreas S.; Sinz, Fabian H.; Ecker, Alexander S.
Publié dans: arXiv, 2023
Éditeur: arXiv
DOI: 10.48550/arxiv.2305.19654

Pattern completion and disruption characterize contextual modulation in mouse visual cortex

Auteurs: Jiakun Fu; Suhas Shrinivasan; Kayla Ponder; Taliah Muhammad; Zhuokun Ding; Eric Wang; Zhiwei Ding; Dat T. Tran; Paul G. Fahey; Stelios Papadopoulos; Saumil Patel; Jacob Reimer; Alexander S. Ecker; Xaq Pitkow; Ralf M. Haefner; Fabian H. Sinz; Katrin Franke; Andreas S. Tolias
Publié dans: bioRxiv, 2023
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2023.03.13.532473

Peer reviewed articles (4)

Nature Communications

Auteurs: Weis, MA ... Ecker, AS
Publié dans: Nature Communications, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1101/2022.12.22.521541

Foundation model of neural activity predicts response to new stimulus types

Auteurs: Eric Y. Wang; Paul G. Fahey; Zhuokun Ding; Stelios Papadopoulos; Kayla Ponder; Marissa A. Weis; Andersen Chang; Taliah Muhammad; Saumil Patel; Zhiwei Ding; Dat Tran; Jiakun Fu; Casey M. Schneider-Mizell; Nuno Maçarico da Costa; R. Clay Reid; Forrest Collman; Nuno Maçarico da Costa; Katrin Franke; Alexander S. Ecker; Jacob Reimer; Xaq Pitkow; Fabian H. Sinz; Andreas S. Tolias
Publié dans: Nature, 2025, ISSN 1476-4687
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/S41586-025-08829-Y

Self-Supervised Graph Representation Learning for Neuronal Morphologies

Auteurs: Weis, Marissa A.; Hansel, Laura; Lüddecke, Timo; Ecker, Alexander S.
Publié dans: Transactions on Machine Learning Research, 2023
Éditeur: TMLR
DOI: 10.48550/arXiv.2112.12482

eLife

Auteurs: Larissa Höfling; Klaudia P Szatko; Christian Behrens; Yuyao Deng; Yongrong Qiu; David Alexander Klindt; Zachary Jessen; Gregory W Schwartz; Matthias Bethge; Philipp Berens; Katrin Franke; Alexander S Ecker; Thomas Euler
Publié dans: eLife, 2024, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications Ltd
DOI: 10.7554/ELIFE.86860