Descrizione del progetto
Comprendere il modo in cui la natura aggira gli ostacoli alla trascrizione
Le lesioni del DNA che bloccano la trascrizione possono essere innescate da un’ampia varietà di agenti dannosi per il DNA e costituiscono un ostacolo per gli enzimi responsabili della trascrizione genica. La riparazione accoppiata alla trascrizione (transcription-coupled repair, TCR) è una via di riparazione del DNA specializzata che rimuove le lesioni del DNA dai geni trascritti attivamente in modo selettivo, ripristinando la trascrizione. I meccanismi alla base di questi processi sono ancora poco conosciuti. Il progetto STOP-FIX-GO, finanziato dall’UE, chiarirà i meccanismi alla base delle risposte cellulari ai danni che bloccano la trascrizione attraverso una combinazione di tecniche di genomica, proteomica e mappatura ad alta tecnologia, con particolare attenzione alle proteine TCR note e promettenti. La comprensione del modo in cui le cellule superano naturalmente gli ostacoli alla trascrizione potrebbe portare alla scoperta di nuove terapie.
Obiettivo
Bulky DNA lesions are a major obstacle during gene transcription by RNA polymerase II enzymes (RNAPII). The stalling of RNAPII at DNA lesions triggers a genome-wide transcriptional arrest. Transcription-coupled repair (TCR) is a specialized DNA repair pathway that selectively removes DNA lesions from actively transcribed genes to restore transcription. Stalled RNAPII at DNA lesions forms a roadblock for advancing DNA replication forks resulting in toxic collisions. The mechanisms that enable the repair of transcription-blocking DNA lesions, the restoration of transcription after repair and the resolution of transcription-replication conflicts are poorly understood. To address these knowledge gaps, I propose to establish a series of innovative approaches aimed at identifying the mechanisms involved in the cellular responses to transcription-blocking DNA damage. We will focus on the functional characterization of known and several promising new TCR factors that we recently identified in combined genome-wide CRISPR and targeted proteomics screens. I propose to dissect the role of known and new TCR proteins by (1) applying a genome-wide approach for directly measuring TCR activity in combination with proximity-labelling proteomics and genetic-interaction mapping to define how TCR complexes assemble and operate, (2) identifying the mechanisms in transcription restoration by combining advanced genomics methods to map nascent transcripts, monitor RNAPII occupancy, and correlate these with specific chromatin modifications in a genome-wide manner, and (3) dissecting the mechanisms involved in resolving transcription-replication conflicts by combining functional DNA replication assays with genome-wide approaches to map transcription, R-loops and DNA replication directionality. This ERC project will break new grounds by offering a detailed understanding of the mechanisms that enable cells to overcome transcriptional roadblocks.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine proteomica
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2021-COG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
2333 ZA Leiden
Paesi Bassi
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.