Learning and modeling the molecular response of single cells to drug perturbations

Projektinformationen

DeepCell

ID Finanzhilfevereinbarung: 101054957

DOI

10.3030/101054957

EK-Unterschriftsdatum 28 November 2022

Startdatum 1 Januar 2023

Enddatum 31 Dezember 2027

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 497 298,00

EU-Beitrag

€ 2 497 298,00

Koordiniert durch

HELMHOLTZ ZENTRUM MUENCHEN DEUTSCHES FORSCHUNGSZENTRUM FUER GESUNDHEIT UND UMWELT GMBH
Germany

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (1)

Data Management Plan

The Data Management Plan describes the data management life cycle for all data sets that will be collected processed or generated by the action It is a document describing what data will be collected processed or generated and following what methodology and standards whether and how this data will be shared andor made open and how it will be curated and preserved

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (15)

GraphCompass: spatial metrics for differential analyses of cell organization across conditions

Autoren: Mayar Ali; Merel Kuijs; Soroor Hediyeh-zadeh; Tim Treis; Karin Hrovatin; Giovanni Palla; Anna C. Schaar; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2024.02.02.578605

An open-source framework for end-to-end analysis of electronic health record data

Autoren: Lukas Heumos; Philipp Ehmele; Tim Treis; Julius Upmeier zu Belzen; Eljas Roellin; Lilly May; Altana Namsaraeva; Nastassya Horlava; Vladimir A. Shitov; Xinyue Zhang; Luke Zappia; Rainer Knoll; Niklas J. Lang; Leon Hetzel; Isaac Virshup; Lisa Sikkema; Fabiola Curion; Roland Eils; Herbert B. Schiller; Anne Hilgendorff; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Nature Medicine, 2024, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41591-024-03214-0

Nature

Autoren: Zhisong He; Leander Dony; Jonas Simon Fleck; Artur Szałata; Katelyn X. Li; Irena Slišković; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Alexander Atamian; Giorgia Quadrato; Jieran Sun; Sergiu P. Pașca; Neal D. Amin; Kevin W. Kelley; Taylor Bertucci; Sally Temple; Kathryn R. Bowles; Nicolò Caporale; Emanuele Villa; Giuseppe Testa; Cristiana Cruceanu; Elisabeth B. Binder; J. Gray Camp; Fabian J. Theis; Barbara Treutlein
Veröffentlicht in: Nature, 2023, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/S41586-024-08172-8

Delineating the effective use of self-supervised learning in single-cell genomics

Autoren: Till Richter; Mojtaba Bahrami; Yufan Xia; David S. Fischer; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Nature Machine Intelligence, 2024, ISSN 2522-5839
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1101/2024.02.16.580624

Mapping lineage-traced cells across time points with moslin

Autoren: Marius Lange; Zoe Piran; Michal Klein; Bastiaan Spanjaard; Dominik Klein; Jan Philipp Junker; Fabian J. Theis; Mor Nitzan
Veröffentlicht in: Genome Biology, 2024, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1101/2023.04.14.536867

Transformers in single-cell omics: a review and new perspectives

Autoren: Artur Szałata; Karin Hrovatin; Sören Becker; Alejandro Tejada-Lapuerta; Haotian Cui; Bo Wang; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/S41592-024-02353-Z

Modeling fragment counts improves single-cell ATAC-seq analysis

Autoren: Laura D. Martens; David S. Fischer; Vicente A. Yépez; Fabian J. Theis; Julien Gagneur
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/S41592-023-02112-6

CellRank 2: unified fate mapping in multiview single-cell data

Autoren: Philipp Weiler; Marius Lange; Michal Klein; Dana Pe’er; Fabian Theis
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.3929/ETHZ-B-000681242

Nature Genetics

Autoren: Alejandro Tejada-Lapuerta; Paul Bertin; Stefan Bauer; Hananeh Aliee; Yoshua Bengio; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Nature Genetics, 2025, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.48550/ARXIV.2310.14935

scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution

Autoren: Johannes C. Hingerl; Laura D. Martens; Alexander Karollus; Trevor Manz; Jason D. Buenrostro; Fabian J. Theis; Julien Gagneur
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2024.09.19.613754

Population-level integration of single-cell datasets enables multi-scale analysis across samples

Autoren: Carlo De Donno; Soroor Hediyeh-Zadeh; Amir Ali Moinfar; Marco Wagenstetter; Luke Zappia; Mohammad Lotfollahi; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2022, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1101/2022.11.28.517803

Mapping cells through time and space with moscot

Autoren: Dominik Klein, Giovanni Palla, Marius Lange, Michal Klein, Zoe Piran, Manuel Gander, Laetitia Meng-Papaxanthos, Michael Sterr, Lama Saber, Changying Jing, Aimée Bastidas-Ponce, Perla Cota, Marta Tarquis-Medina, Shrey Parikh, Ilan Gold, Heiko Lickert, Mostafa Bakhti, Mor Nitzan, Marco Cuturi, Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 638, 2025, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41586-024-08453-2

Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas

Autoren: Karin Hrovatin; Aimée Bastidas-Ponce; Mostafa Bakhti; Luke Zappia; Maren Büttner; Ciro Salinno; Michael Sterr; Anika Böttcher; Adriana Migliorini; Heiko Lickert; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Nature Metabolism, 2023, ISSN 2522-5812
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1101/2022.12.22.521557

Nature Methods

Autoren: Karin Hrovatin; Lisa Sikkema; Vladimir A. Shitov; Graham Heimberg; Maiia Shulman; Amanda J. Oliver; Michaela F. Mueller; Ignacio L. Ibarra; Hanchen Wang; Ciro Ramírez-Suástegui; Peng He; Anna C. Schaar; Sarah A. Teichmann; Fabian J. Theis; Malte D. Luecken
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2024, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41592-024-02532-Y

Nature Genetics

Autoren: Quan Xu; Lennard Halle; Soroor Hediyeh-zadeh; Merel Kuijs; Rya Riedweg; Umut Kilik; Timothy Recaldin; Qianhui Yu; Isabell Rall; Tristan Frum; Lukas Adam; Shrey Parikh; Raphael Kfuri-Rubens; Manuel Gander; Dominik Klein; Fabiola Curion; Zhisong He; Jonas Simon Fleck; Koen Oost; Maurice Kahnwald; Silvia Barbiero; Olga Mitrofanova; Grzegorz Jerzy Maciag; Kim B. Jensen; Matthias Lutolf; Prisca Liberali; Jason R. Spence; Nikolche Gjorevski; Joep Beumer; Barbara Treutlein; Fabian J. Theis; J. Gray Camp
Veröffentlicht in: Nature Genetics, 2025, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41588-025-02182-6

Conference proceedings (1)

A benchmark for prediction of transcriptomic responses to chemical perturbations across cell types

Autoren: Artur Szałata, Andrew Benz, Robrecht Cannoodt, Mauricio Cortes, Jason Fong, Sunil Kuppasani, Richard Lieberman, Tianyu Liu, Javier Mas-Rosario, Rico Meinl, Jalil Nourisa, Jared Tumiel, Tin M. Tunjic, Mengbo Wang, Noah Weber, Hongyu Zhao, Benedict Anchang,
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: MIT Press

Other (5)

Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects

Autoren: Karin Hrovatin; Amir Ali Moinfar; Luke Zappia; Alejandro Tejada Lapuerta; Ben Lengerich; Manolis Kellis; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.11.03.565463

TNF-<i>α</i>disrupts the malate-aspartate shuttle, driving metabolic rewiring in iPSC-derived enteric neural lineages from Parkinson’s Disease patients

Autoren: Bruno Ghirotto; Luís Eduardo Gonçalves; Vivien Ruder; Christina James; Elizaveta Gerasimova; Tania Rizo; Holger Wend; Michaela Farrell; Juan Atilio Gerez; Natalia Cecilia Prymaczok; Merel Kuijs; Maiia Shulman; Anne Hartebrodt; Iryna Prots; Arne Gessner; Friederike Zunke; Jürgen Winkler; David B. Blumenthal; Fabian J. Theis; Roland Riek; Claudia Günther; Markus Neurath; Pooja Gupta; Beate Winner
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2025
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2025.03.25.644826

Predicting cell morphological responses to perturbations using generative modeling

Autoren: Alessandro Palma; Fabian J. Theis; Mohammad Lotfollahi
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1101/2023.07.17.549216

A multimodal cross-species comparison of pancreas development

Autoren: Heiko Lickert; Kyong-Wol Yang; Hannah Spitzer; Michael Sterr; Karin Hrovatin; Sean de la O; Xinghao Zhang; Eunike S.A. Setyono; Minhaz Ud-Dean; Thomas Walzthoeni; Krzysztof Flisikowski; Tatiana Flisikowska; Angelika Schnieke; Katharina Scheibner; James M. Wells; Julie B. Sneddon; Barbara Keßler; Eckhard Wolf; Elisabeth Kemter; Fabian J. Theis
Veröffentlicht in: Research Square, 2024
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.60692/1JM7F-D8256

An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids

Autoren: Quan Xu, Lennard Halle, Soroor Hediyeh-zadeh, Merel Kuijs, Umut Kilik, Qianhui Yu, Tristan Frum, Lukas Adam, Shrey Parikh, Manuel Gander, Raphael Kfuri-Rubens, Dominik Klein, Zhisong He, Jonas Simon Fleck, Koen Oost, Maurice Kahnwald, Silvia Barbiero, Olga Mitrofanova, Grzegorz Maciag, Kim B. Jensen, Matthias Lutolf, Prisca Liberali, Joep Beumer, Jason R. Spence, Barbara Treutlein, Fabian J. Theis, J. Gray Camp
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.11.20.567825