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Revealing the gene regulatory networks that govern cell mechanical properties by single cell microfluidics

Description du projet

Un aperçu de la régulation des propriétés mécaniques des cellules

Les cellules interagissent avec leur environnement en générant et en maintenant des forces mécaniques. Les propriétés mécaniques des cellules influencent une multitude de fonctions cellulaires, notamment l’adhésion, la migration et la polarisation. Elles jouent également un rôle central au cours du développement et de la différenciation. Cependant, les réseaux de régulation sous-jacents responsables du contrôle des propriétés mécaniques des cellules restent largement inexplorés. Financé par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet READ-seq entend y remédier en développant une plateforme microfluidique qui combine l’analyse physique et biochimique des cellules. La plateforme mesurera simultanément les caractéristiques mécaniques et morphologiques des cellules individuelles et les associera à leur profil moléculaire, établissant ainsi un lien sans précédent entre l’expression des gènes et la mécanique cellulaire.

Objectif

Changes in mechanical properties of cells are key in a range of processes, including cell migration and development, and are frequently altered in disease states such as cancers. Yet, despite their key role, the gene regulatory networks underlying these processes are currently largely unresolved. Thus, the central aim of my proposed project is to gain a detailed understanding of how cellular mechanical properties are controlled, by developing microfluidic technology to simultaneously measure the mechanical phenotype and transcriptome of single cells in high throughput. The advent of single cell sequencing methods has been transformational for our understanding of biology, and multimodal approaches such as those combining genome and transcriptome measurements of the same cell, are likely to be even more so. The physical dimension, however, remains largely unexplored, and its exploitation offers the prospect of revealing how the biochemical composition of cells relates to their physical properties. I will thus apply my PhD experience to develop a microfluidic platform that combines physical and biochemical cell analysis, using real-time deformability cytometry and droplet-based single cell RNA sequencing. By matching the transcriptomic profile of each cell with its brightfield image, which yields their mechanical and morphological features, I will identify genes involved in the regulation of mechanical properties and their generality across cell types. In addition to elucidating fundamental regulators of cell mechanics, this technology will allow the investigation of their interplay with gene expression during both physiological and pathological cell state changes.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.

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Coordinateur

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Contribution nette de l'UE
€ 173 847,36
Coût total
Aucune donnée

Partenaires (2)