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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Long-TREC: The Long-Reads Transcriptomics European Consortium. The next generation transcriptome biology revealed by single molecule sequencing technologies

Description du projet

Former des experts au séquençage à lecture longue de l’ARN

Les technologies de séquençage à lecture longue et à molécule unique de troisième génération ont révolutionné la recherche sur le transcriptome et sont sur le point de surpasser le séquençage à lecture courte dans les études sur l’expression des gènes. Cependant, différents défis techniques et bioinformatiques nous empêchent encore d’exploiter pleinement leur potentiel. Le projet LongTREC, financé par l’UE, formera une équipe de doctorants destinés à devenir des experts dans le domaine du séquençage à lecture longue de l’ARN en se concentrant sur trois domaines clés. Le premier portera sur l’amélioration de la qualité des données de séquençage et de prétraitement grâce à des protocoles et à des méthodes de prétraitement bioinformatique. Le second consistera à mettre en place des pipelines d’analyse comparative pour faciliter l’application des techniques de séquençage à lecture longue à l’annotation du génome et à l’analyse de l’utilisation des isoformes dans les échantillons en vrac et les échantillons unicellulaires. Le troisième élargira le champ d’application du séquençage à lecture longue pour englober les applications multi-omiques destinées à l’étude de la biologie réglementaire.

Objectif

Thrid-generation, single-molecule long-read sequencing technologies such as Nanopore and Pacbio are revolutionizing transcriptome research and are expected to outcompete short-reads sequencing for gene expression studies. However, technical and bioinformatics challenges exist to the realization of this full potential. In this project, we will train a team of excellent Doctoral Candidates to become the European and world leaders in the field of long reads transcriptome sequencing (lrRNA-seq). The team will address three fundamental aspects of current barriers to the progress that these technologies face. a) Obtaining high-quality sequencing and preprocessed data from improved library preparation protocols and bioinformatics preprocessing methods, b) Establishment of benchmarked analysis pipelines for the application of these approaches to genome annotation and isoform usage analysis both in bulk and single-cell samples, and c) Extension of long reads to multi-omics applications for the study of regulatory biology. Additionally, DC will follow an intensive and comprehensive training program composed of scientific and soft skills training, including activities related to pressing societal challenges such as climate change, diversity and inclusion, and the ethics of science. Students will complement their education through secondments in top European laboratories and Companies as well as through exposure to a network of worldwide experts in the field of RNA research.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.

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Programme(s)

Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.

Thème(s)

Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.

Régime de financement

Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.

HORIZON-TMA-MSCA-DN - HORIZON TMA MSCA Doctoral Networks

Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement

Appel à propositions

Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2021-DN-01

Voir tous les projets financés au titre de cet appel

Coordinateur

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Contribution nette de l'UE

La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.

€ 251 971,20
Coût total

Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.

Aucune donnée

Participants (8)

Partenaires (21)

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