Long-TREC: The Long-Reads Transcriptomics European Consortium. The next generation transcriptome biology revealed by single molecule sequencing technologies

Información del proyecto

LongTREC

Identificador del acuerdo de subvención: 101072892

DOI 10.3030/101072892

Fecha de la firma de la CE 14 Julio 2022

Fecha de inicio 1 Octubre 2022

Fecha de finalización 30 Septiembre 2026

Financiado con arreglo a

• Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)

Coste total Sin datos

Aportación de la UE € 2 621 931,00

Coordinado por

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spain

Descripción del proyecto

Formación de expertos en la secuenciación de ARN de lectura larga

Las tecnologías de secuenciación de moléculas individuales de lectura larga de tercera generación han revolucionado la investigación del transcriptoma y están a punto de superar a la secuenciación de moléculas de lectura corta en los estudios de expresión génica. Sin embargo, los retos técnicos y bioinformáticos obstaculizan todo su potencial. En el proyecto LongTREC, financiado con fondos europeos, se formará a un equipo de doctorandos para que se conviertan en expertos en el campo de la secuenciación de ARN de lectura larga centrándose en tres ámbitos clave. El primero es mejorar la calidad de la secuenciación y el preprocesamiento de datos mediante protocolos y métodos bioinformáticos de preprocesamiento. El segundo es el establecimiento de métodos de análisis de referencia para la aplicación de técnicas de secuenciación de lectura larga a la anotación del genoma y el análisis del uso de isoformas en muestras globales y unicelulares. El tercero es la ampliación del alcance de la secuenciación de lectura larga con el fin de abarcar aplicaciones multiómicas para el estudio de la biología reguladora.

Objetivo

Thrid-generation, single-molecule long-read sequencing technologies such as Nanopore and Pacbio are revolutionizing transcriptome research and are expected to outcompete short-reads sequencing for gene expression studies. However, technical and bioinformatics challenges exist to the realization of this full potential. In this project, we will train a team of excellent Doctoral Candidates to become the European and world leaders in the field of long reads transcriptome sequencing (lrRNA-seq). The team will address three fundamental aspects of current barriers to the progress that these technologies face. a) Obtaining high-quality sequencing and preprocessed data from improved library preparation protocols and bioinformatics preprocessing methods, b) Establishment of benchmarked analysis pipelines for the application of these approaches to genome annotation and isoform usage analysis both in bulk and single-cell samples, and c) Extension of long reads to multi-omics applications for the study of regulatory biology. Additionally, DC will follow an intensive and comprehensive training program composed of scientific and soft skills training, including activities related to pressing societal challenges such as climate change, diversity and inclusion, and the ethics of science. Students will complement their education through secondments in top European laboratories and Companies as well as through exposure to a network of worldwide experts in the field of RNA research.

Ámbito científico (EuroSciVoc)

CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véase: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.

• ciencias naturales › ciencias biológicas › genética › ARN

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Programa(s)

• HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme

Tema(s)

• HORIZON-MSCA-2021-DN-01-01 - MSCA Doctoral Networks 2021

Convocatoria de propuestas

HORIZON-MSCA-2021-DN-01

Régimen de financiación

HORIZON-TMA-MSCA-DN - HORIZON TMA MSCA Doctoral Networks

Coordinador

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS

• Aportación neta de la UEn: € 251 971,20
• Dirección: CALLE SERRANO 117 ; 28006 Madrid ; España
• Región: Comunidad de Madrid › Comunidad de Madrid › Madrid
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

Participantes (8)

FUNDACIO CENTRE DE REGULACIO GENOMICA

España

• Aportación neta de la UEn: € 503 942,40
• Dirección: CARRER DOCTOR AIGUADER 88 ; 08003 Barcelona
• Región: Este › Cataluña › Barcelona
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

FONDAZIONE ISTITUTO ITALIANO DI TECNOLOGIA

Italia

• Aportación neta de la UEn: € 252 231,00
• Dirección: VIA MOREGO 30 ; 16163 Genova
• Región: Nord-Ovest › Liguria › Genova
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS

Francia

• Aportación neta de la UEn: € 282 693,60
• Dirección: RUE MICHEL ANGE 3 ; 75794 Paris
• Región: Ile-de-France › Ile-de-France › Hauts-de-Seine
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

BIOBAM BIOINFORMATICS SL

España

• Aportación neta de la UEn: € 251 971,20
• Dirección: AVENIDA PERIS Y VALERO 78-23 ; 46006 Valencia
• Pyme Organización definida por ella misma como pequeña y mediana empresa (pyme) en el momento de la firma del acuerdo de subvención. Sí:
  Región
  Este › Comunitat Valenciana › Valencia/València
• Región: Este › Comunitat Valenciana › Valencia/València
• Tipo de actividad: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Coste total: Sin datos

STOCKHOLMS UNIVERSITET

Suecia

• Aportación neta de la UEn: € 293 709,60
• Dirección: UNIVERSITETSVAGEN 10 ; 10691 Stockholm
• Región: Östra Sverige › Stockholm › Stockholms län
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

NACIONALNI INSTITUT ZA BIOLOGIJO

Eslovenia

• Aportación neta de la UEn: € 242 179,20
• Dirección: VECNA POT 121 ; 1000 LJUBLJANA
• Región: Slovenija › Zahodna Slovenija › Osrednjeslovenska
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV

Alemania

• Aportación neta de la UEn: € 260 539,20
• Dirección: HOFGARTENSTRASSE 8 ; 80539 Munchen
• Región: Bayern › Oberbayern › München, Kreisfreie Stadt
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

COMMISSARIAT A L ENERGIE ATOMIQUE ET AUX ENERGIES ALTERNATIVES

Francia

• Aportación neta de la UEn: € 282 693,60
• Dirección: RUE LEBLANC 25 ; 75015 PARIS 15
• Región: Ile-de-France › Ile-de-France › Paris
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

Socios (21)

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

SB SCIENCE MANAGEMENT UG

Alemania

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: MUTHESIUSSTR 11 ; 12163 Berlin
• Pyme Organización definida por ella misma como pequeña y mediana empresa (pyme) en el momento de la firma del acuerdo de subvención. Sí:
  Región
  Berlin › Berlin › Berlin
• Región: Berlin › Berlin › Berlin
• Tipo de actividad: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

INSTITUTO GULBENKIAN DE CIENCIA

Portugal

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: Rua da Quinta Grande, 6 ; 2780-156 Oeiras
• Tipo de actividad: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

UNIVERSITAT DE VALENCIA

España

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: AVENIDA BLASCO IBANEZ 13 ; 46010 Valencia
• Región: Este › Comunitat Valenciana › Valencia/València
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

MEDNARODNA PODIPLOMSKA SOLA JOZEFA STEFANA

Eslovenia

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: Jamova 39 ; 1000 Ljubljana
• Región: Slovenija › Zahodna Slovenija › Osrednjeslovenska
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

UNIVERSITE COTE D'AZUR

Francia

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: GRAND CHATEAU 28 AVENUE VALROSE ; 06100 Nice
• Región: Provence-Alpes-Côte d’Azur › Provence-Alpes-Côte d’Azur › Alpes-Maritimes
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

UNIVERSITY OF EAST ANGLIA

Reino Unido

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: EARLHAM ROAD ; NR4 7TJ Norwich
• Región: East of England › East Anglia › Norwich and East Norfolk
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER CENTRO NACIONAL DE SUPERCOMPUTACION

España

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: CALLE JORDI GIRONA 31 ; 08034 Barcelona
• Región: Este › Cataluña › Barcelona
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

UPPSALA UNIVERSITET

Suecia

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: VON KRAEMERS ALLE 4 ; 751 05 Uppsala
• Región: Östra Sverige › Östra Mellansverige › Uppsala län
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

Wobble Genomics Limited

Reino Unido

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: Suite 2, Ground Floor Orchard Brae House, 30 Queensferry Road, Edinburgh, United Kingdom ; EH4 2HS Edinburgh
• Pyme Organización definida por ella misma como pequeña y mediana empresa (pyme) en el momento de la firma del acuerdo de subvención. Sí:
  Región
  Scotland › Eastern Scotland › Edinburgh
• Región: Scotland › Eastern Scotland › Edinburgh
• Tipo de actividad: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

Storm Therapeutics

Reino Unido

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: Babrahm Research Campus ; CB22 3AT Cambridge
• Región: East of England › East Anglia › Cambridgeshire CC
• Tipo de actividad: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

UNIVERSITY OF FLORIDA

Estados Unidos

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: GRINTER HALL 223 ; 32611 5500 Gainesville
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

Joan & Sanford I. Weill Medical College of Cornell University

Estados Unidos

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: 1300 York Avenue ; 10065-4805 New York
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

university of california santa cruz genomics institute

Estados Unidos

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: 1156 High St -- CBSE ; 95064 Santa Cruz, Ca
• Tipo de actividad: Public bodies (excluding Research Organisations and Secondary or Higher Education Establishments)
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

Stichting Global Organisation for Bioinformatics Learning, Education and Training

Países Bajos

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Tipo de actividad: Other
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

THE UNIVERSITY OF NOTTINGHAM

Reino Unido

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: University Park ; NG7 2RD Nottingham
• Región: East Midlands (England) › Derbyshire and Nottinghamshire › Nottingham
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

UNIVERSIDAD POMPEU FABRA

España

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: PLACA DE LA MERCE, 10-12 ; 08002 Barcelona
• Región: Este › Cataluña › Barcelona
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

OXFORD NANOPORE TECHNOLOGIES LTD

Reino Unido

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: ROBERT ROBINSON AVENUE - OXFORD SCIENCE PARK 4 ; OX4 4GA Oxford
• Región: South East (England) › Berkshire, Buckinghamshire and Oxfordshire › Oxfordshire
• Tipo de actividad: Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

EARLHAM INSTITUTE

Reino Unido

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: NORWICH RESEARCH PARK COLNEY LANE ; NR4 7UZ Norwich
• Región: East of England › East Anglia › Breckland and South Norfolk
• Tipo de actividad: Research Organisations
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

FREIE UNIVERSITAET BERLIN

Alemania

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: KAISERSWERTHER STRASSE 16-18 ; 14195 Berlin
• Región: Berlin › Berlin › Berlin
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

UNIVERSITE PARIS-SACLAY

Francia

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: BATIMENT BREGUET - 3 RUE JOLIOT CURIE ; 91190 Gif-Sur-Yvette
• Región: Ile-de-France › Ile-de-France › Essonne
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos

Socio

Las organizaciones asociadas contribuyen a la aplicación de la acción, pero no firman el acuerdo de subvención.

ISTITUTO UNIVERSITARIO DI STUDI SUPERIORI ( I.U.S.S.) DI PAVIA

Italia

• Aportación neta de la UEn: € 0,00
• Dirección: PIAZZA DELLA VITTORIA 15 PALAZZO DEL BROLETTO ; 27100 Pavia
• Región: Nord-Ovest › Lombardia › Pavia
• Tipo de actividad: Higher or Secondary Education Establishments
• Coste total: Sin datos