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CORDIS - Forschungsergebnisse der EU
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Long-TREC: The Long-Reads Transcriptomics European Consortium. The next generation transcriptome biology revealed by single molecule sequencing technologies

Projektbeschreibung

Spezialausbildung für Long-Read-RNS-Sequenzierung

Sequenzierungstechnologien der dritten Generation, die für einzelne Moleküle geeignet sind, haben bereits die Transkriptomforschung revolutioniert und sind im Begriff, die massiv-parallele Sequenzierung (Short-Read-Sequenzierung) bei Genexpressionsstudien zu übertreffen. Die Ausschöpfung des vollen Potenzials wird hier jedoch durch technische und bioinformatische Probleme verzögert. Das EU-finanzierte Projekt LongTREC wird ein Team von Promovierenden zu Fachleuten auf dem Gebiet der Long-Read-RNS-Sequenzierung ausbilden und sich dabei auf drei Schlüsselbereiche konzentrieren. Beim ersten handelt es sich um die Verbesserung der Qualität von Sequenzierungsdaten und vorverarbeiteten Daten mithilfe von Protokollen und bioinformatischen Vorverarbeitungsverfahren. Der zweite Bereich umfasst die Erstellung von an Orientierungsgrößen ausgerichteten Analysepipelines zur Anwendung von Long-Read-Sequenzierungsverfahren bei der Genomannotation und Isoformnutzungsanalyse von Massen- und Einzelzellproben. Drittens wird der Anwendungsbereich der Long-Read-Sequenzierung auf Multi-Omik-Anwendungen zur Untersuchung der regulatorischen Biologie erweitert.

Ziel

Thrid-generation, single-molecule long-read sequencing technologies such as Nanopore and Pacbio are revolutionizing transcriptome research and are expected to outcompete short-reads sequencing for gene expression studies. However, technical and bioinformatics challenges exist to the realization of this full potential. In this project, we will train a team of excellent Doctoral Candidates to become the European and world leaders in the field of long reads transcriptome sequencing (lrRNA-seq). The team will address three fundamental aspects of current barriers to the progress that these technologies face. a) Obtaining high-quality sequencing and preprocessed data from improved library preparation protocols and bioinformatics preprocessing methods, b) Establishment of benchmarked analysis pipelines for the application of these approaches to genome annotation and isoform usage analysis both in bulk and single-cell samples, and c) Extension of long reads to multi-omics applications for the study of regulatory biology. Additionally, DC will follow an intensive and comprehensive training program composed of scientific and soft skills training, including activities related to pressing societal challenges such as climate change, diversity and inclusion, and the ethics of science. Students will complement their education through secondments in top European laboratories and Companies as well as through exposure to a network of worldwide experts in the field of RNA research.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

HORIZON-TMA-MSCA-DN - HORIZON TMA MSCA Doctoral Networks

Alle im Rahmen dieses Finanzierungsinstruments finanzierten Projekte anzeigen

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2021-DN-01

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Koordinator

AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Netto-EU-Beitrag

Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.

€ 251 971,20
Adresse
CALLE SERRANO 117
28006 MADRID
Spanien

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Region
Comunidad de Madrid Comunidad de Madrid Madrid
Aktivitätstyp
Research Organisations
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

Keine Daten

Beteiligte (8)

Partner (21)

Mein Booklet 0 0