Projektbeschreibung
Zwischenstufen bei der Rekonfiguration von Nukleosomen offenbaren die Rolle der Nukleosomenposition
Die DNA wird im Zellkern in einer kondensierten Form „gelagert“, die als Chromatin bezeichnet wird und die, wenn sie ausgedehnt ist, wie Perlen an einer Schnur aussieht. Diese Perlen sind Nukleosomen – Histonproteine, um die die DNA gewickelt ist. Die exakte Position der Nukleosomen wirkt sich auf die Regulierung von Transkription, Replikation und DNA-Reparatur aus. Der Umbau des Chromatins – die aktive Reorganisation der Nukleosomen – wird auf unbekannte Weise durch die DNA-Sequenz moduliert. Da die Umstrukturierung sequentielle katalytische Zyklen und Zwischenstufen beinhaltet, lautet das Ziel des ERC-finanzierten Projekts DONUTS, die Art und Stabilität dieser vorübergehenden Zwischenstufen zu untersuchen. Dazu werden molekulare Simulationen, In-vivo-Experimente und eine neuartige Hochdurchsatzplattform genutzt, die Einzelmolekülmessungen komplexer Dynamiken mit Sequenzierung der nächsten Generation kombiniert.
Ziel
Eukaryotic genomes are packaged into chromatin, which restricts access to the DNA. Key genomic processes therefore involve the rearrangement of chromatin by ATP-dependent chromatin remodelling enzymes (remodellers), which actively place and reorganise nucleosomes. The precise positioning of nucleosomes plays a crucial role in regulating transcription, replication, and DNA repair. DNA sequence impacts this nucleosome architecture by affecting the activity of remodellers. However, what mechanisms underlie this critical sequence dependence in remodelling remains unknown. Here, we propose to address this longstanding question based on the following rationale: the nucleosome represents a highly constrained substrate with many histone-DNA interactions. Remodeller action therefore involves multiple sequential catalytic cycles and a series of transient structural intermediates of the nucleosome. We hypothesise that the nature and stability of these intermediates determine the effects of DNA sequence on remodelling. Probing this hypothesis requires the direct observation of transient remodelling intermediates as a function of sequence at the genome scale, which cannot be achieved with currently existing methods. We aim to address this major challenge by developing a novel high-throughput platform that combines, for the first time, single-molecule measurements of complex dynamics with next-generation sequencing. This platform will enable the comprehensive profiling of sequence-dependent processes at the single-molecule level. We will leverage the platform in combination with molecular simulations and in vivo experiments to gain groundbreaking insights into the mechanisms of sequence-dependent remodelling and its role in the establishment of chromatin architecture. Ultimately, we expect to decipher how the dynamic landscape of nucleosome intermediates - encoded in the sequence wrapped around the histone core - impacts nucleosome function in vivo.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Enzym
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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(öffnet in neuem Fenster) ERC-2022-ADG
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
751 05 Uppsala
Schweden
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.