Descrizione del progetto
Gli intermedi nel rimodellamento dei nucleosomi per svelare il ruolo svolto dalla loro posizione
Il DNA è «immagazzinato» nel nucleo in una forma condensata nota come cromatina che, quando si presenta in modo esteso, assomiglia a perline su un filo; queste perline sono note come nucleosomi, proteine istoniche attorno alle quali si avvolge il DNA. La posizione precisa dei nucleosomi influisce sulla regolazione della trascrizione, della replicazione e della riparazione del DNA, mentre il rimodellamento della cromatina, ovvero la riorganizzazione attiva dei nucleosomi, è modulato dalla sequenza del DNA in modo sconosciuto. Dato che questo processo comporta cicli catalitici sequenziali e intermedi, il progetto DONUTS, finanziato dal CER, si prefigge di studiare la natura e la stabilità di tali intermedi transitori avvalendosi a tal fine di simulazioni molecolari, esperimenti in vivo e una nuova piattaforma ad alta produttività che combina misurazioni a singola molecola di dinamiche complesse con il sequenziamento di nuova generazione.
Obiettivo
Eukaryotic genomes are packaged into chromatin, which restricts access to the DNA. Key genomic processes therefore involve the rearrangement of chromatin by ATP-dependent chromatin remodelling enzymes (remodellers), which actively place and reorganise nucleosomes. The precise positioning of nucleosomes plays a crucial role in regulating transcription, replication, and DNA repair. DNA sequence impacts this nucleosome architecture by affecting the activity of remodellers. However, what mechanisms underlie this critical sequence dependence in remodelling remains unknown. Here, we propose to address this longstanding question based on the following rationale: the nucleosome represents a highly constrained substrate with many histone-DNA interactions. Remodeller action therefore involves multiple sequential catalytic cycles and a series of transient structural intermediates of the nucleosome. We hypothesise that the nature and stability of these intermediates determine the effects of DNA sequence on remodelling. Probing this hypothesis requires the direct observation of transient remodelling intermediates as a function of sequence at the genome scale, which cannot be achieved with currently existing methods. We aim to address this major challenge by developing a novel high-throughput platform that combines, for the first time, single-molecule measurements of complex dynamics with next-generation sequencing. This platform will enable the comprehensive profiling of sequence-dependent processes at the single-molecule level. We will leverage the platform in combination with molecular simulations and in vivo experiments to gain groundbreaking insights into the mechanisms of sequence-dependent remodelling and its role in the establishment of chromatin architecture. Ultimately, we expect to decipher how the dynamic landscape of nucleosome intermediates - encoded in the sequence wrapped around the histone core - impacts nucleosome function in vivo.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2022-ADG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
751 05 Uppsala
Svezia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.