Descrizione del progetto
Interazioni tra strutture proteiche in contesti cellulari nativi con la spettrometria di massa diretta
L’ambiente cellulare modella la struttura e la funzione delle proteine, creando un paesaggio variegato di forme proteiche che è difficile da catturare con i metodi convenzionali. Il progetto SystemDirectMS, finanziato dal CER, sviluppa la spettrometria di massa diretta (direct-MS), un approccio che preserva le proteine nel loro stato nativo all’interno di lisati cellulari grezzi, consentendo lo studio delle loro interazioni e della loro diversità in condizioni quasi fisiologiche. Estendendo questo metodo dai batteri alle cellule e ai tessuti umani, e creando piattaforme di analisi ad alto rendimento e per interi organi, il progetto fornisce nuovi strumenti per esplorare le proteoforme e i complessi proteici. Questi progressi migliorano la nostra capacità di studiare le proteine nel contesto biologico, con implicazioni per la biologia cellulare, la biotecnologia e la scoperta di farmaci.
Obiettivo
Protein structure and consequently function is influenced by the cellular content. The array of splice variants, post-translational modifications, cleavages and the ability to bind cofactors and drugs, is governed by the surrounding cellular milieu. This is determined by internal and external cues such as cell type, developmental stage, stress conditions, disease and aging, which give rise to an ensemble of distinct protein entities. To study this diversity, there is a need for methods that enable structural studies under “close-to-life” conditions, maintaining the natural environment and biological diversity, features that are often lost during biochemical purifications.
Our recent discovery that native MS can be conducted within crude cellular lysates (direct-MS), while preserving the biological context, offers many new experimental avenues for investigating protein interactions and diversity. Here, we propose to take native MS to a new dimension: enabling a systemic view of cellular structure biology by endorsing technological, computational and methodological developments. To do this we will: (i) Establish a platform for high-throughput screening of protein interactions. (ii) Unravel protein interactions in human and other eukaryotic cells; (iii) Develop a method for whole-organ direct-MS analysis, unravelling the tissue-specific proteoform landscape. Each of our three independent but complementary aims involves a different biological system, going from bacteria through human cells to intact tissues. Together, these advances, in conjunction with the high-resolution and sensitivity afforded by current mass spectrometers, has the potential to advance a plethora of fields, including cell biology, pharmacology and biotechnology. Overall, we anticipate this project will promote the integration of direct-MS into the cellular structural biology toolkit, providing valuable insights not attained by other structural biology methods or artificial intelligence algorithms.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia batteriologia
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche biologia cellulare
- scienze mediche e della salute medicina di base farmacologia e farmacia
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2022-ADG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
7610001 Rehovot
Israele
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.