GENOMIC SURVEILLANCE TO CONTROL PATHOGEN INFECTIONS IN AFRICA

Informations projet

GenPath Africa

N° de convention de subvention: 101103171

DOI

10.3030/101103171

Date de signature de la CE 28 Août 2023

Date de début 1 Mai 2023

Date de fin 30 Avril 2027

Financé au titre de

• Health

Coût total

€ 4 999 170,25

Contribution de l’UE

€ 4 999 170,25

Coordonné par

STELLENBOSCH UNIVERSITY
South Africa

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Publications

Peer reviewed articles (10)

Detection of Mycobacterium bovis in nasal swabs from communal goats (Capra hircus) in rural KwaZulu-Natal, South Africa

Auteurs: Deborah M. Cooke; Charlene Clarke; Tanya J. Kerr; Robin M. Warren; Carmel Witte, Michele A. Miller; Wynand J. Goosen
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 15:1349163, 2024, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fmicb.2024.1349163

The third era of genomics is at risk of being dismantled across the global south

Auteurs: Tulio de Oliveira
Publié dans: Science, Numéro 386:6718, 2024, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adt484

Genomic Characterization of Circulating Dengue Virus, Ethiopia, 2022–2023

Auteurs: Adugna Abera, Houriiyah Tegally, Geremew Tasew, Eduan Wilkinson, Abraham Ali, Feyisa Regasa, Molalegne Bitew, Mahlet Belachew, Lucious Chabuka, Gaspary Mwanyika, Derek Tshiabuila, Jennifer Giandhari, Sureshnee Pillay, Jenicca Poogavanan, Monika Moir, Moritz U.G. Kraemer, Kamran Khan, Carmen Huber, Getachew Tollera, Tobias F. Rinke de Wit, Cheryl Baxter, Richard Lessells, Dawit Wolday, Dereje Beyene, Tulio de Oliveira, null null
Publié dans: Emerging Infectious Diseases, Numéro 31, 2025, ISSN 1080-6040
Éditeur: Centers for Disease Control and Prevention (CDC)
DOI: 10.3201/EID3103.240996

An Oxford Nanopore Technology-Based Hepatitis B Virus Sequencing Protocol Suitable for Genomic Surveillance Within Clinical Diagnostic Settings

Auteurs: Derek Tshiabuila, Wonderful Choga, James E. San, Tongai Maponga, Gert Van Zyl, Jennifer Giandhari, Sureshnee Pillay, Wolfgang Preiser, Yeshnee Naidoo, Cheryl Baxter, Darren P. Martin, Tulio de Oliveira
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 25, 2024, ISSN 1422-0067
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/ijms252111702

Evidence of Mycobacterium bovis DNA in shared water sources at livestock–wildlife–human interfaces in KwaZulu-Natal, South Africa

Auteurs: Megan C. Matthews, Deborah M. Cooke, Tanya J. Kerr, Andre G. Loxton, Robin M. Warren, Giovanni Ghielmetti, Elizabeth M. Streicher, Carmel S. Witte, Michele A. Miller, Wynand J. Goosen
Publié dans: Frontiers in Veterinary Science, Numéro 12, 2025, ISSN 2297-1769
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FVETS.2025.1483162

A decade of dengue disease burden in Africa (2013–2023): a systematic review

Auteurs: Gaspary O. Mwanyika, Monika Moir, Abdualmoniem O. Musa, Jenicca Poongavanan, Graeme Dor, Eduan Wilkinson, Cheryl Baxter, Tulio de Oliveira, Houriiyah Tegally
Publié dans: Travel Medicine and Infectious Disease, Numéro 67, 2025, ISSN 1477-8939
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TMAID.2025.102897

Insights into mycobacteriome composition in Mycobacterium bovis-infected African buffalo (Syncerus caffer) tissue samples

Auteurs: Giovanni Ghielmetti; Tanya J. Kerr; Netanya Bernit; Sinegugu K. Mhlophe; Elizma Streicher; Andre G. Loxton; Robin M. Warren; Michele A. Miller; Wynand J. Goosen
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 14:17537, 2024, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-68189-x

Genomic Epidemiology of Rift Valley Fever Virus Involved in the 2018 and 2022 Outbreaks in Livestock in Rwanda

Auteurs: Isidore Nsengimana; John Juma; Kristina Roesel; Methode N. Gasana; Fabrice Ndayisenga; Claude M. Muvunyi; Emmanuel Hakizimana; Jean N. Hakizimana; Gillian Eastwood; Augustino A. Chengula; Bernard Bett; Christopher J. Kasanga; Samuel O. Oyola
Publié dans: Viruses, Numéro 16(7):1148, 2024, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v16071148

Identification and molecular characterization of Mycobacterium bovis DNA in GeneXpert® MTB/RIF ultra-positive, culture-negative sputum from a rural community in South Africa

Auteurs: Wynand J. Goosen; Sashen Moodley; Giovanni Ghielmetti; Yumna Moosa; Thando Zulu; Theresa Smit; Vukuzazi Team; Leanie Kleynhans; Tanya J. Kerr; Elizabeth M. Streicher; Willem A. Hanekom; Robin M. Warren; Emily B. Wong; Michele A. Miller
Publié dans: One Health, Numéro 18:100702, 2024, ISSN 2352-7714
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.onehlt.2024.100702

Targeted deep sequencing of mycobacteria species from extrapulmonary sites not identified by routine line probe assays: a retrospective laboratory analysis of stored clinical cultures

Auteurs: Christoffel Opperman, Janré Steyn, Megan Ceris Matthews, Sarishna Singh, Yonas Ghebrekristos, Tanya Jane Kerr, Michele Miller, Aliasgar Esmail, Helen Cox, Robin Warren, Giovanni Ghielmetti, Wynand Goosen
Publié dans: IJID Regions, 2024, ISSN 2772-7076
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijregi.2024.100464