GENOMIC SURVEILLANCE TO CONTROL PATHOGEN INFECTIONS IN AFRICA

Información del proyecto

GenPath Africa

Identificador del acuerdo de subvención: 101103171

DOI

10.3030/101103171

Fecha de la firma de la CE 28 Agosto 2023

Fecha de inicio 1 Mayo 2023

Fecha de finalización 30 Abril 2027

Financiado con arreglo a

• Health

Coste total

€ 4 999 170,25

Aportación de la UE

€ 4 999 170,25

Coordinado por

STELLENBOSCH UNIVERSITY
South Africa

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Publicaciones

Peer reviewed articles (10)

Detection of Mycobacterium bovis in nasal swabs from communal goats (Capra hircus) in rural KwaZulu-Natal, South Africa

Autores: Deborah M. Cooke; Charlene Clarke; Tanya J. Kerr; Robin M. Warren; Carmel Witte, Michele A. Miller; Wynand J. Goosen
Publicado en: Frontiers in Microbiology, Edición 15:1349163, 2024, ISSN 1664-302X
Editor: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fmicb.2024.1349163

The third era of genomics is at risk of being dismantled across the global south

Autores: Tulio de Oliveira
Publicado en: Science, Edición 386:6718, 2024, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adt484

Genomic Characterization of Circulating Dengue Virus, Ethiopia, 2022–2023

Autores: Adugna Abera, Houriiyah Tegally, Geremew Tasew, Eduan Wilkinson, Abraham Ali, Feyisa Regasa, Molalegne Bitew, Mahlet Belachew, Lucious Chabuka, Gaspary Mwanyika, Derek Tshiabuila, Jennifer Giandhari, Sureshnee Pillay, Jenicca Poogavanan, Monika Moir, Moritz U.G. Kraemer, Kamran Khan, Carmen Huber, Getachew Tollera, Tobias F. Rinke de Wit, Cheryl Baxter, Richard Lessells, Dawit Wolday, Dereje Beyene, Tulio de Oliveira, null null
Publicado en: Emerging Infectious Diseases, Edición 31, 2025, ISSN 1080-6040
Editor: Centers for Disease Control and Prevention (CDC)
DOI: 10.3201/EID3103.240996

An Oxford Nanopore Technology-Based Hepatitis B Virus Sequencing Protocol Suitable for Genomic Surveillance Within Clinical Diagnostic Settings

Autores: Derek Tshiabuila, Wonderful Choga, James E. San, Tongai Maponga, Gert Van Zyl, Jennifer Giandhari, Sureshnee Pillay, Wolfgang Preiser, Yeshnee Naidoo, Cheryl Baxter, Darren P. Martin, Tulio de Oliveira
Publicado en: International Journal of Molecular Sciences, Edición 25, 2024, ISSN 1422-0067
Editor: MDPI AG
DOI: 10.3390/ijms252111702

Evidence of Mycobacterium bovis DNA in shared water sources at livestock–wildlife–human interfaces in KwaZulu-Natal, South Africa

Autores: Megan C. Matthews, Deborah M. Cooke, Tanya J. Kerr, Andre G. Loxton, Robin M. Warren, Giovanni Ghielmetti, Elizabeth M. Streicher, Carmel S. Witte, Michele A. Miller, Wynand J. Goosen
Publicado en: Frontiers in Veterinary Science, Edición 12, 2025, ISSN 2297-1769
Editor: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FVETS.2025.1483162

A decade of dengue disease burden in Africa (2013–2023): a systematic review

Autores: Gaspary O. Mwanyika, Monika Moir, Abdualmoniem O. Musa, Jenicca Poongavanan, Graeme Dor, Eduan Wilkinson, Cheryl Baxter, Tulio de Oliveira, Houriiyah Tegally
Publicado en: Travel Medicine and Infectious Disease, Edición 67, 2025, ISSN 1477-8939
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TMAID.2025.102897

Insights into mycobacteriome composition in Mycobacterium bovis-infected African buffalo (Syncerus caffer) tissue samples

Autores: Giovanni Ghielmetti; Tanya J. Kerr; Netanya Bernit; Sinegugu K. Mhlophe; Elizma Streicher; Andre G. Loxton; Robin M. Warren; Michele A. Miller; Wynand J. Goosen
Publicado en: Scientific Reports, Edición 14:17537, 2024, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-68189-x

Genomic Epidemiology of Rift Valley Fever Virus Involved in the 2018 and 2022 Outbreaks in Livestock in Rwanda

Autores: Isidore Nsengimana; John Juma; Kristina Roesel; Methode N. Gasana; Fabrice Ndayisenga; Claude M. Muvunyi; Emmanuel Hakizimana; Jean N. Hakizimana; Gillian Eastwood; Augustino A. Chengula; Bernard Bett; Christopher J. Kasanga; Samuel O. Oyola
Publicado en: Viruses, Edición 16(7):1148, 2024, ISSN 1999-4915
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v16071148

Identification and molecular characterization of Mycobacterium bovis DNA in GeneXpert® MTB/RIF ultra-positive, culture-negative sputum from a rural community in South Africa

Autores: Wynand J. Goosen; Sashen Moodley; Giovanni Ghielmetti; Yumna Moosa; Thando Zulu; Theresa Smit; Vukuzazi Team; Leanie Kleynhans; Tanya J. Kerr; Elizabeth M. Streicher; Willem A. Hanekom; Robin M. Warren; Emily B. Wong; Michele A. Miller
Publicado en: One Health, Edición 18:100702, 2024, ISSN 2352-7714
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.onehlt.2024.100702

Targeted deep sequencing of mycobacteria species from extrapulmonary sites not identified by routine line probe assays: a retrospective laboratory analysis of stored clinical cultures

Autores: Christoffel Opperman, Janré Steyn, Megan Ceris Matthews, Sarishna Singh, Yonas Ghebrekristos, Tanya Jane Kerr, Michele Miller, Aliasgar Esmail, Helen Cox, Robin Warren, Giovanni Ghielmetti, Wynand Goosen
Publicado en: IJID Regions, 2024, ISSN 2772-7076
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijregi.2024.100464