GENOMIC SURVEILLANCE TO CONTROL PATHOGEN INFECTIONS IN AFRICA

Projektinformationen

GenPath Africa

ID Finanzhilfevereinbarung: 101103171

DOI

10.3030/101103171

EK-Unterschriftsdatum 28 August 2023

Startdatum 1 Mai 2023

Enddatum 30 April 2027

Finanziert unter

• Health

Gesamtkosten

€ 4 999 170,25

EU-Beitrag

€ 4 999 170,25

Koordiniert durch

STELLENBOSCH UNIVERSITY
South Africa

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (10)

Detection of Mycobacterium bovis in nasal swabs from communal goats (Capra hircus) in rural KwaZulu-Natal, South Africa

Autoren: Deborah M. Cooke; Charlene Clarke; Tanya J. Kerr; Robin M. Warren; Carmel Witte, Michele A. Miller; Wynand J. Goosen
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 15:1349163, 2024, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fmicb.2024.1349163

The third era of genomics is at risk of being dismantled across the global south

Autoren: Tulio de Oliveira
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 386:6718, 2024, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adt484

Genomic Characterization of Circulating Dengue Virus, Ethiopia, 2022–2023

Autoren: Adugna Abera, Houriiyah Tegally, Geremew Tasew, Eduan Wilkinson, Abraham Ali, Feyisa Regasa, Molalegne Bitew, Mahlet Belachew, Lucious Chabuka, Gaspary Mwanyika, Derek Tshiabuila, Jennifer Giandhari, Sureshnee Pillay, Jenicca Poogavanan, Monika Moir, Moritz U.G. Kraemer, Kamran Khan, Carmen Huber, Getachew Tollera, Tobias F. Rinke de Wit, Cheryl Baxter, Richard Lessells, Dawit Wolday, Dereje Beyene, Tulio de Oliveira, null null
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 31, 2025, ISSN 1080-6040
Herausgeber: Centers for Disease Control and Prevention (CDC)
DOI: 10.3201/EID3103.240996

An Oxford Nanopore Technology-Based Hepatitis B Virus Sequencing Protocol Suitable for Genomic Surveillance Within Clinical Diagnostic Settings

Autoren: Derek Tshiabuila, Wonderful Choga, James E. San, Tongai Maponga, Gert Van Zyl, Jennifer Giandhari, Sureshnee Pillay, Wolfgang Preiser, Yeshnee Naidoo, Cheryl Baxter, Darren P. Martin, Tulio de Oliveira
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1422-0067
Herausgeber: MDPI AG
DOI: 10.3390/ijms252111702

Evidence of Mycobacterium bovis DNA in shared water sources at livestock–wildlife–human interfaces in KwaZulu-Natal, South Africa

Autoren: Megan C. Matthews, Deborah M. Cooke, Tanya J. Kerr, Andre G. Loxton, Robin M. Warren, Giovanni Ghielmetti, Elizabeth M. Streicher, Carmel S. Witte, Michele A. Miller, Wynand J. Goosen
Veröffentlicht in: Frontiers in Veterinary Science, Ausgabe 12, 2025, ISSN 2297-1769
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/FVETS.2025.1483162

A decade of dengue disease burden in Africa (2013–2023): a systematic review

Autoren: Gaspary O. Mwanyika, Monika Moir, Abdualmoniem O. Musa, Jenicca Poongavanan, Graeme Dor, Eduan Wilkinson, Cheryl Baxter, Tulio de Oliveira, Houriiyah Tegally
Veröffentlicht in: Travel Medicine and Infectious Disease, Ausgabe 67, 2025, ISSN 1477-8939
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.TMAID.2025.102897

Insights into mycobacteriome composition in Mycobacterium bovis-infected African buffalo (Syncerus caffer) tissue samples

Autoren: Giovanni Ghielmetti; Tanya J. Kerr; Netanya Bernit; Sinegugu K. Mhlophe; Elizma Streicher; Andre G. Loxton; Robin M. Warren; Michele A. Miller; Wynand J. Goosen
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 14:17537, 2024, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-68189-x

Genomic Epidemiology of Rift Valley Fever Virus Involved in the 2018 and 2022 Outbreaks in Livestock in Rwanda

Autoren: Isidore Nsengimana; John Juma; Kristina Roesel; Methode N. Gasana; Fabrice Ndayisenga; Claude M. Muvunyi; Emmanuel Hakizimana; Jean N. Hakizimana; Gillian Eastwood; Augustino A. Chengula; Bernard Bett; Christopher J. Kasanga; Samuel O. Oyola
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 16(7):1148, 2024, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v16071148

Identification and molecular characterization of Mycobacterium bovis DNA in GeneXpert® MTB/RIF ultra-positive, culture-negative sputum from a rural community in South Africa

Autoren: Wynand J. Goosen; Sashen Moodley; Giovanni Ghielmetti; Yumna Moosa; Thando Zulu; Theresa Smit; Vukuzazi Team; Leanie Kleynhans; Tanya J. Kerr; Elizabeth M. Streicher; Willem A. Hanekom; Robin M. Warren; Emily B. Wong; Michele A. Miller
Veröffentlicht in: One Health, Ausgabe 18:100702, 2024, ISSN 2352-7714
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.onehlt.2024.100702

Targeted deep sequencing of mycobacteria species from extrapulmonary sites not identified by routine line probe assays: a retrospective laboratory analysis of stored clinical cultures

Autoren: Christoffel Opperman, Janré Steyn, Megan Ceris Matthews, Sarishna Singh, Yonas Ghebrekristos, Tanya Jane Kerr, Michele Miller, Aliasgar Esmail, Helen Cox, Robin Warren, Giovanni Ghielmetti, Wynand Goosen
Veröffentlicht in: IJID Regions, 2024, ISSN 2772-7076
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ijregi.2024.100464