Description du projet
Des assemblages génomiques d’haplotypes et l’émergence de la parthénogenèse
Toutes les espèces de nématodes du genre Plectus se reproduisent exclusivement de manière asexuée. Nous ignorons comment elles ont perdu leur capacité à se reproduire sexuellement. L’hybridation entre espèces, dans laquelle les allèles d’espèces se reproduisant sexuellement s’intègrent dans une espèce étroitement apparentée, est une possibilité, peut-être une adaptation à des environnements extrêmes. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet CHOPPE entend examiner cette question. Il produira des assemblages de génomes effondrés au niveau des chromosomes pour plusieurs espèces de Plectus et son parent sexuel le plus proche, Anaplectus, provenant de différents habitats. De nouvelles méthodes informatiques permettront de générer des assemblages d’haplotypes (gènes hérités d’un seul parent) entièrement phasés. Les assemblages effondrés et d’haplotypes pourraient mettre en évidence la base génomique de l’adaptation à des environnements extrêmes par le biais de la parthénogenèse.
Objectif
Sexual reproduction is a costly but seemingly necessary trait in animals. However, species in diverse branches of the animal kingdom have secondarily reverted to asexual reproduction. In the roundworms (phylum Nematoda), this reversal appears particularly frequent, as parthenogenetic species have emerged in numerous genera. Species in the genus Plectus are obligately parthenogenetic, and are distributed in non-extreme and extreme environments across the globe. Mechanisms leading to the loss of sex, for example hybridisation, have received some attention, but are still poorly understood, in particular on the genomic level. This is in part due to the lack of sequencing and analysis tools for complex genomes of minute organisms.
CHOPPE will generate chromosome-level collapsed and phased genome assemblies using latest assembly strategies for several species of Plectus and its closest sexual relative Anaplectus from diverse habitats. CHOPPE will develop new computational methods for generating fully phased assemblies of diverse non-model species. Collapsed assemblies, and haplotype assemblies of several Plectus and Anaplectus species generated in the project, will allow to decipher the genomic basis of their adaption in the context of parthenogenesis and extreme environments. The project will further investigate the reversal to sexuality of Plectus through crossing with heat induced males, and establish this genus as a new model for the study of parthenogenesis.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information science informatique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
50931 KOLN
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.