Projektbeschreibung
Haplotypische Genomassemblierungen und Entstehung der Parthenogenese
Alle Arten der Gattung Fadenwürmer Plectus vermehren sich ausschließlich ungeschlechtlich. Wie sie ihre Fähigkeit zur geschlechtlichen Fortpflanzung verloren haben, ist unbekannt. Eine Möglichkeit ist die Hybridisierung zwischen Arten, bei der Allele von sich geschlechtlich fortpflanzenden Arten in eine eng verwandte Art integriert werden, also vielleicht eine Anpassung an extreme Umweltbedingungen. Im Rahmen des über die Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen unterstützten Projekts CHOPPE soll genau das erforscht werden. Es wird auf Chromosomenebene zusammengesetzte Genome für mehrere Plectus-Arten und ihren engsten geschlechtlichen Verwandten Anaplectus aus verschiedenen Lebensräumen erstellen. Neue Berechnungsmethoden werden vollständig abgestufte Haplotyp-Assemblierungen (Gene, die von einem einzigen Elternteil vererbt werden) erzeugen. Die kollabierten und haplotypischen Assemblierungen könnten die genomischen Grundlagen der Anpassung an extreme Umgebungen durch Parthenogenese aufdecken.
Ziel
Sexual reproduction is a costly but seemingly necessary trait in animals. However, species in diverse branches of the animal kingdom have secondarily reverted to asexual reproduction. In the roundworms (phylum Nematoda), this reversal appears particularly frequent, as parthenogenetic species have emerged in numerous genera. Species in the genus Plectus are obligately parthenogenetic, and are distributed in non-extreme and extreme environments across the globe. Mechanisms leading to the loss of sex, for example hybridisation, have received some attention, but are still poorly understood, in particular on the genomic level. This is in part due to the lack of sequencing and analysis tools for complex genomes of minute organisms.
CHOPPE will generate chromosome-level collapsed and phased genome assemblies using latest assembly strategies for several species of Plectus and its closest sexual relative Anaplectus from diverse habitats. CHOPPE will develop new computational methods for generating fully phased assemblies of diverse non-model species. Collapsed assemblies, and haplotype assemblies of several Plectus and Anaplectus species generated in the project, will allow to decipher the genomic basis of their adaption in the context of parthenogenesis and extreme environments. The project will further investigate the reversal to sexuality of Plectus through crossing with heat induced males, and establish this genus as a new model for the study of parthenogenesis.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Schlüsselbegriffe
Programm/Programme
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
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Deutschland