Description du projet
Exploiter les données du génome entier au profit de la conservation
La diversité génétique est essentielle à la conservation des espèces, mais la génomique de conservation est à la traîne pour ce qui est de l’utilisation efficace des données relatives au génome entier. Si les technologies de séquençage de l’ADN ont fait de considérables progrès, la génomique de la conservation n’a pas encore exploité efficacement les données relatives au génome entier. Par contre, des domaines tels que la génomique humaine ont développé des approches informatiques pour relever ce défi. Avec le soutien du programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet ConserVar entend combler cette lacune. Il caractérisera la diversité génétique des espèces menacées en se concentrant sur les données haplotypiques et les variations génomiques structurelles. En prenant le renard arctique pour modèle, il analysera les données du génome entier provenant d’échantillons passés et actuels afin de comprendre la structure de la population, les changements temporels de la variation génomique et l’adaptation. Cette recherche bénéficiera au programme suédois de conservation du renard arctique.
Objectif
Genetic diversity is one of the three basic elements of biodiversity. Understanding the full extent of this diversity within species is fundamental for their conservation. However, despite the ongoing advances in DNA sequencing technologies, conservation genomics is lagging behind in using whole-genome data efficiently. In contrast, other fields, such as human genomics, have developed theoretical and computational approaches to tackle this. If applied to endangered species, these approaches will provide a better understanding of their genetic diversity, particularly regarding the structure of this diversity across populations and its effect on adaptation to changing environments.
By leveraging two types of genetic data currently overlooked in conservation genomics haplotype information and structural genomic variation, I will develop new analysis strategies to characterise genomic variation in endangered species. Using the Arctic fox as a model species, I will use whole-genome data from both present-day and historical samples to: 1) infer subtle patterns of population structure and gene flow, 2) quantify temporal changes in genomic structural variation and 3) assess the ability of these types of genetic data to inform on adaptation to local environments.
This research programme will provide not only a comprehensive characterisation of genomic diversity in Arctic foxes with a direct impact on the Swedish Arctic fox conservation programme, but also new analytical tools for conservation genomics, unlocking the full potential of whole-genome data for biodiversity conservation.
Combining my solid track record on both human and biodiversity population genomics, and the hosts extensive expertise on conservation genomics and palaeogenomics, this fellowship will allow me to obtain the key scientific and transferrable skills to establish myself as a research leader in the field and make substantial contributions to biodiversity conservation.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueADN
- sciences naturellessciences biologiquespréservation de la biodiversité
- sciences naturellessciences biologiquesécologieécosystème
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Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2022-PF-01
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HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinateur
10691 Stockholm
Suède