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Characterising the microbiome and mycotoxin profiles of winter wheat varieties grown under sustainable crop protection system

Description du projet

Le rôle du microbiome du blé dans la résistance à la contamination par les mycotoxines

Les espèces de Fusarium toxinogènes sont responsables de la production de mycotoxines nocives dans le blé, que les méthodes actuelles ne contrôlent pas toujours de manière efficace. Il est par conséquent indispensable de réduire la production de mycotoxines dans le grain. Dans cette optique, le projet ToxBiome, financé par le MSCA, entend identifier les variétés de blé et les microbes capables de supprimer la production de mycotoxines dans les céréales. Il recueillera des échantillons de blé d’hiver non traité sur trois sites en Irlande et en Irlande du Nord. Ces échantillons seront analysés afin d’évaluer leur résistance ou leur prédisposition aux mycotoxines. Faisant appel au séquençage à haut débit et à des tests statistiques, il étudiera la diversité et la fonctionnalité du microbiome du blé. Son objectif consiste à identifier les espèces microbiennes et les voies métaboliques spécifiques qui sont en corrélation avec l’accumulation de mycotoxines.

Objectif

During wheat colonisation, toxigenic Fusarium species produce substantial numbers of mycotoxins, which pose serious adverse health effects in human and animals. The current control strategies rely on the use of resistant varieties and synthetic fungicides. However, these control measures are not always effective. Moreover, excessive use of fungicides has led to the development of resistance in many toxigenic Fusarium species. Therefore, there is an urgent need to develop an effective and sustainable method to minimise wheat mycotoxin content. The goal of this project is to provide novel insights into the role of wheat microbiome in preventing mycotoxin contamination and to identify wheat varieties and microbes with potential to promote the suppression of mycotoxin production in wheat. Fungicide untreated winter wheat varieties will be collected from three different experimental field sites in Ireland and Northern Ireland. Then, a targeted metabolomics approach will be used to quantify 10 important mycotoxins in winter wheat samples, to identify resistant and susceptible varieties. Subsequently, DNA will be extracted from the samples and a culture-independent shotgun metagenomic high-throughput sequencing will be applied to characterise the microbiome diversity and function of wheat varieties. Robust statistical tests and bioinformatics tools will be used to analyse and compare sequences and mycotoxin level data, to identify specific microbial species and metabolic pathways that are significantly correlated with wheat varieties found resistant and susceptible to mycotoxin accumulation. Ultimately, the identification of specific wheat varieties that recruit microbiomes that can inhibit mycotoxin production opens new horizons for breeding next-generation crops depending less on fungicide input and resistant to mycotoxin contamination. This project and the planned training activities will further enhance my skills to become an independent researcher.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2022-PF-01

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Coordinateur

STICHTING WAGENINGEN RESEARCH
Contribution nette de l'UE
€ 203 464,32
Coût total
Aucune donnée

Partenaires (1)