Next Generation Molecular Data Storage

Informations projet

NEO

N° de convention de subvention: 101115317

DOI

10.3030/101115317

Date de signature de la CE 2 Juin 2023

Date de début 1 Octobre 2023

Date de fin 30 Septembre 2026

Financé au titre de

• The European Innovation Council (EIC)

Coût total

€ 2 418 514,98

Contribution de l’UE

€ 2 418 514,98

Coordonné par

UNIVERSITAET PADERBORN
Germany

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (5)

Plan for Dissemination and Communication Activities

Define the Dissemination and Communication Plan

Website and project logo

Website and project logo information with also social media links

Demonstration of 6-way DNA strand displacement reactions

6-way DNA strand displacement reactions are demonstrated on DNA origami substrates. The speeds of 30 individual reactions are determined in solution and on surfaces in order to identify specific effects of surface immobilization.

Cost efficient folding of DNA nanostructures

An optimized protocol for low-cost folding of DNA origami nanostructures is developed that employs a minimum amount of staple strands in DNA origami assembly and enables the recycling of unincorporated staple strands after purification.

Basic characterisation of nanostructure using AFM

Reproducible imaging of molecular bumps embedded within the DNA origami nanostructures is demonstrated. Relatively non-invasive (soft) AFM imaging modes are employed in order maximize the resilience of the molecular bits to the repetitive reading process.

Data Management Plan (1)

Data Management plan

Define the Data Management Plan

Publications

Peer reviewed articles (9)

Stability of Information‐Carrying DNA Origami Nanostructures During Repeated Freeze–Thaw Cycles

Auteurs: Xinyang Li, Lukas Rabbe, Jacqueline Linneweber, Guido Grundmeier, Adrian Keller
Publié dans: Chemistry–Methods, Numéro 6, 2026, ISSN 2628-9725
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/CMTD.202500161

Global Quantitative Analysis of Ligation Reactions in Self‐Assembled DNA Nanostructures at the Single‐Nick Level

Auteurs: Konrad Hacker, Emilia Juricke, Carolin Münch, Antonio Suma, Adrian Keller, Yixin Zhang
Publié dans: Small, Numéro 22, 2026, ISSN 1613-6810
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1101/2025.06.18.660358

Cost-efficient folding of functionalized DNA origami nanostructures <i>via</i> staple recycling

Auteurs: Emilia Tomm, Guido Grundmeier, Adrian Keller
Publié dans: Nanoscale, Numéro 17, 2025, ISSN 2040-3364
Éditeur: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D5NR01435B

Evaluation of Structural Vulnerabilities in DNA Origami Nanoplatforms Using Ionizing Radiation

Auteurs: Leo Sala, Václav Olšanský, David Chvátil, François Chevalier, Violaine Vizcaino, Alain Méry, Jaroslav Kočišek
Publié dans: ChemNanoMat, Numéro 12, 2026, ISSN 2199-692X
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/CNMA.202500796

An End-to-End Coding Scheme for DNA-Based Data Storage With Nanopore-Sequenced Reads

Auteurs: Lorenz Welter, Roman Sokolovskii, Thomas Heinis, Antonia Wachter-Zeh, Eirik Rosnes, Alexandre Graell i Amat
Publié dans: IEEE Journal on Selected Areas in Information Theory, Numéro 7, 2026, ISSN 2641-8770
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
DOI: 10.1109/JSAIT.2026.3655592

CpG Methylation Protects DNA against Ionizing Radiation

Auteurs: Leo Sala, Tereza Zápotocká, Jana Šáchová, Václav Olšanský, David Chvátil, François Chevalier, Violaine Vizcaino, Alain Méry, Jaroslav Kočišek
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry B, Numéro 129, 2025, ISSN 1520-6106
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/ACS.JPCB.5C04043

Motif caller for sequence reconstruction in motif-based DNA storage

Auteurs: Parv Agarwal, Nimesh Pinnamaneni, Thomas Heinis
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 15, 2025, ISSN 2045-2322
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41598-025-22798-2

Toward high-density streptavidin arrays on DNA origami nanostructures

Auteurs: Lukas Rabbe, Emilia Tomm, Guido Grundmeier, Adrian Keller
Publié dans: RSC Advances, Numéro 15, 2025, ISSN 2046-2069
Éditeur: Royal Society of Chemistry (RSC)
DOI: 10.1039/D5RA03393D

Breaking of the Up‐Down Symmetry of DNA Origami on a Solid Substrate

Auteurs: Gangamallaiah Velpula, Emilia Tomm, Boxuan Shen, Kunal S. Mali, Adrian Keller, Steven De Feyter
Publié dans: Angewandte Chemie, Numéro 137, 2025, ISSN 0044-8249
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/ANGE.202507613

Thesis and dissertations (2)

Human-in-the-Loop Few-Shot Annotation of DNA Origami in AFM Images

Auteurs: Paul Alexander Plantosar
Publié dans: 2025
Éditeur: Graz University of Technology (TU Graz)

Unsupervised Shape Detection and Mask-Conditioned Image Synthesis for DNA Origami

Auteurs: Noah Ruhmer
Publié dans: 2024
Éditeur: Graz University of Technology (TU Graz)

Conference proceedings (4)

Beyond Logarithmic Bounds: Querying in Constant Expected Time with Learned Indexes

Auteurs: Luis Alberto Croquevielle; Guang Yang; Liang Liang; Ali Hadian; Thomas Heinis
Publié dans: 28th International Conference on Database Theory (ICDT 2025), Numéro 328, 2025, ISSN 1868-8969
Éditeur: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/LIPICS.ICDT.2025.19

Effective Diffusion-free Score Matching for Exact Conditional Sampling – TPM/UAI Workshop 2025

Auteurs: Thomas Wedenig, Robert Peharz
Publié dans: 8th Workshop on Tractable Probabilistic Modeling (TPM 2025), UAI 2025
Éditeur: OpenReview.net

Exact Soft Analytical Side-Channel Attacks using Tractable Circuits – ICML 2024

Auteurs: Thomas Wedenig, Rishub Nagpal, Gaëtan Cassiers, Stefan Mangard, Robert Peharz
Publié dans: Proceedings of the 41st International Conference on Machine Learning
Éditeur: PMLR (Proceedings of Machine Learning Research)
DOI: 10.48550/ARXIV.2501.13748

Lower Bounds for the Algorithmic Complexity of Learned Indexes

Auteurs: Luis Alberto Croquevielle; Roman Sokolovskii; Thomas Heinis
Publié dans: 29th International Conference on Database Theory (ICDT 2026), Numéro 365, 2026, ISSN 1868-8969
Éditeur: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/LIPICS.ICDT.2026.14