CIRCE: a scalable Python package to predict cis-regulatory DNA interactions from single-cell chromatin accessibility data
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Autores:
Rémi Trimbour, Julio Saez-Rodriguez, Laura Cantini
Publicado en:
Bioinformatics, Edición 42, 2026, ISSN 1367-4811
Editor:
Oxford University Press (OUP)
DOI:
10.1093/BIOINFORMATICS/BTAG092
STORIES: learning cell fate landscapes from spatial transcriptomics using optimal transport
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Autores:
Geert-Jan Huizing, Jules Samaran, Daniele Capocefalo, Anna Audit, Gabriel Peyré, Laura Cantini
Publicado en:
Nature Methods, 2025, ISSN 1548-7091
Editor:
Springer Science and Business Media LLC
DOI:
10.1038/S41592-025-02855-4
Nature Communications
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Autores:
Samaran, Jules; Peyré, Gabriel; Cantini, Laura
Publicado en:
Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Editor:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1101/2024.02.26.582051
Nature Communications
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Autores:
Jérémie Kalfon; Jules Samaran; Gabriel Peyré; Laura Cantini
Publicado en:
Nature Communications, 2024, ISSN 2041-1723
Editor:
Nature portfolio
DOI:
10.1101/2024.07.29.605556