Description du projet
Identification à haut débit de pathobiontes pour le cancer colorectal et la MII
La vaste communauté de micro-organismes qui vit dans l’appareil digestif, connue sous le nom de microbiome, joue un rôle déterminant dans la régulation du système immunitaire et la santé en général. Le déséquilibre du microbiome est lié à diverses affections, dont la maladie inflammatoire de l’intestin (MII) et le cancer colorectal. L’identification de bactéries ou d’agents pathogènes spécifiques qui influencent l’apparition de la maladie et l’efficacité de la thérapie s’avère toutefois compliquée en raison de la complexité des microbiomes et des interactions génétiques. Le projet SOAR, financé par le CER, se propose de développer une technologie à haut débit permettant d’identifier et de cultiver des pathobiontes à l’aide d’anticorps. Il s’appuiera sur l’apprentissage automatique pour associer ces bactéries aux facteurs de risque génétiques de l’hôte et découvrir les profils de risque des patients, faisant ainsi progresser la médecine de précision pour le cancer colorectal et la MII.
Objectif
Rising incidences of chronic disorders and cancer have been linked to reduced microbial diversity. Genetic risk factors are similarly involved in the development of chronic disorders and cancer. The effect of both microbial and genetic factors is particularly evident in inflammatory bowel disease (IBD) and colorectal cancer (CRC). However, the identification of specific bacteria that trigger/drive disease or modulate therapy efficacy in IBD and CRC lacks a comprehensive approach. Even less is known about how these bacteria mechanistically induce such effects. The paucity of so far identified disease relevant bacteria and their mode of action, likely lies in the complexity of both the microbiome and the host’s genetic risk factors. We hypothesize that specific bacteria, which do not harm the host under steady state conditions, hijack host pathways in the presence of certain genetic risk factors to drive inflammation, onset and progression of IBD and CRC. We speculate that these bacteria, termed pathobionts, have so far been overlooked due to a lack of methods to triangulate these disease relevant bacteria in multi-factorial disorders like IBD and CRC.
It is our objective to identify these pathobionts and match them to host genetic risk. To do so, we have developed an antibody coating based approach, to identify and culture pathobionts. Now, we want to overhaul our approach to develop a high throughput-pathobiont identification technology. Through machine learning, we then aim to find pathobiont-host genetic risk matches that drive disease and validate these matches in vivo. Lastly, we plan to demonstrate the potential of our new technology and gained knowledge. Through leveraging the gained knowledge, we aim to identify pathobiont-host risk matches in publicly available databases. This will unmask individuals at risk for the development of IBD, CRC and potentially other disorders. This may pave the way for future microbiome-based precision medicine approaches.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
- sciences naturellesinformatique et science de l'informationbases de données
- sciences naturellessciences biologiquesmicrobiologiebactériologie
- ingénierie et technologieingénierie des materiauxrevêtement et films
- sciences médicales et de la santémédecine cliniqueoncologie
Vous devez vous identifier ou vous inscrire pour utiliser cette fonction
Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Thème(s)
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2023-STG
Voir d’autres projets de cet appelRégime de financement
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstitution d’accueil
72074 Tuebingen
Allemagne