Opis projektu
Wysokowydajna identyfikacja patogenów w raku jelita grubego i IBD
Zróżnicowana społeczność mikroorganizmów zamieszkujących przewód pokarmowy, znana jako mikrobiom, odgrywa kluczową rolę w regulacji układu odpornościowego i ogólnego stanu zdrowia. Brak równowagi mikrobiomu jest powiązany z różnymi schorzeniami, w tym nieswoistym zapaleniem jelit (IBD) i rakiem jelita grubego. Jednak identyfikacja konkretnych bakterii lub patogenów, które wpływają na początek choroby i skuteczność terapii, stanowi wyzwanie ze względu na złożoność mikrobiomu i interakcje genetyczne. Finansowany przez ERBN projekt SOAR proponuje opracowanie wysokowydajnej technologii identyfikacji i hodowli patogenów przy użyciu przeciwciał. Uczenie maszynowe zostanie wykorzystane do dopasowania tych bakterii do genetycznych czynników ryzyka gospodarza i odkrycia profili ryzyka pacjentów, tym samym prowadząc do rozwoju medycyny precyzyjnej w leczeniu raka jelita grubego i IBD.
Cel
Rising incidences of chronic disorders and cancer have been linked to reduced microbial diversity. Genetic risk factors are similarly involved in the development of chronic disorders and cancer. The effect of both microbial and genetic factors is particularly evident in inflammatory bowel disease (IBD) and colorectal cancer (CRC). However, the identification of specific bacteria that trigger/drive disease or modulate therapy efficacy in IBD and CRC lacks a comprehensive approach. Even less is known about how these bacteria mechanistically induce such effects. The paucity of so far identified disease relevant bacteria and their mode of action, likely lies in the complexity of both the microbiome and the host’s genetic risk factors. We hypothesize that specific bacteria, which do not harm the host under steady state conditions, hijack host pathways in the presence of certain genetic risk factors to drive inflammation, onset and progression of IBD and CRC. We speculate that these bacteria, termed pathobionts, have so far been overlooked due to a lack of methods to triangulate these disease relevant bacteria in multi-factorial disorders like IBD and CRC.
It is our objective to identify these pathobionts and match them to host genetic risk. To do so, we have developed an antibody coating based approach, to identify and culture pathobionts. Now, we want to overhaul our approach to develop a high throughput-pathobiont identification technology. Through machine learning, we then aim to find pathobiont-host genetic risk matches that drive disease and validate these matches in vivo. Lastly, we plan to demonstrate the potential of our new technology and gained knowledge. Through leveraging the gained knowledge, we aim to identify pathobiont-host risk matches in publicly available databases. This will unmask individuals at risk for the development of IBD, CRC and potentially other disorders. This may pave the way for future microbiome-based precision medicine approaches.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
- nauki przyrodniczeinformatykabazy danych
- nauki przyrodniczenauki biologicznemikrobiologiabakteriologia
- inżynieria i technologiainżynieria materiałowapowłoki
- medycyna i nauki o zdrowiumedycyna klinicznaonkologia
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Temat(-y)
System finansowania
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstytucja przyjmująca
72074 Tuebingen
Niemcy