Projektbeschreibung
Hochdurchsatz-Identifizierung von Pathobionten für Darmkrebs und entzündliche Darmerkrankungen
Die vielfältige Mikroorganismengemeinschaft im Magen-Darm-Trakt, das sogenannte Mikrobiom, spielt in Hinsicht auf die Regulierung des Immunsystems und die allgemeine Gesundheit eine Schlüsselrolle. Ungleichgewichte im Mikrobiom werden mit verschiedenen Erkrankungen in Verbindung gebracht, darunter entzündliche Darmerkrankungen und Dickdarmkrebs. Die Identifizierung spezifischer Bakterien oder Pathobionten, die den Ausbruch der Krankheit und die Wirksamkeit der Therapie beeinflussen, stellt jedoch aufgrund der Komplexität des Mikrobioms und der genetischen Interaktionen eine Herausforderung dar. Das Team des ERC-finanzierten Projekts SOAR plant die Entwicklung einer Hochdurchsatztechnologie zur Identifizierung und Kultivierung von Pathobionten unter Einsatz von Antikörpern. Mithilfe des maschinellen Lernens werden diese Bakterien mit den genetischen Risikofaktoren des Wirts abgeglichen und Risikoprofile von Erkrankten aufgedeckt, wodurch die Präzisionsmedizin für Darmkrebs und entzündliche Darmerkrankungen vorangetrieben wird.
Ziel
Rising incidences of chronic disorders and cancer have been linked to reduced microbial diversity. Genetic risk factors are similarly involved in the development of chronic disorders and cancer. The effect of both microbial and genetic factors is particularly evident in inflammatory bowel disease (IBD) and colorectal cancer (CRC). However, the identification of specific bacteria that trigger/drive disease or modulate therapy efficacy in IBD and CRC lacks a comprehensive approach. Even less is known about how these bacteria mechanistically induce such effects. The paucity of so far identified disease relevant bacteria and their mode of action, likely lies in the complexity of both the microbiome and the host’s genetic risk factors. We hypothesize that specific bacteria, which do not harm the host under steady state conditions, hijack host pathways in the presence of certain genetic risk factors to drive inflammation, onset and progression of IBD and CRC. We speculate that these bacteria, termed pathobionts, have so far been overlooked due to a lack of methods to triangulate these disease relevant bacteria in multi-factorial disorders like IBD and CRC.
It is our objective to identify these pathobionts and match them to host genetic risk. To do so, we have developed an antibody coating based approach, to identify and culture pathobionts. Now, we want to overhaul our approach to develop a high throughput-pathobiont identification technology. Through machine learning, we then aim to find pathobiont-host genetic risk matches that drive disease and validate these matches in vivo. Lastly, we plan to demonstrate the potential of our new technology and gained knowledge. Through leveraging the gained knowledge, we aim to identify pathobiont-host risk matches in publicly available databases. This will unmask individuals at risk for the development of IBD, CRC and potentially other disorders. This may pave the way for future microbiome-based precision medicine approaches.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Mikrobiologie Bakteriologie
- Technik und Technologie Werkstofftechnik Beschichtung
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Klinische Medizin Onkologie
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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(öffnet in neuem Fenster) ERC-2023-STG
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
72074 Tuebingen
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.