Projektbeschreibung
Evolution von Bakteriophagen durch Koinfektion
Bakteriophagen – oder kurz Phagen – sind Viren, die speziell Bakterien infizieren und sich darin vermehren. Phagen können untereinander genetisches Material austauschen und ihr Genom mit Wirts-DNA rekombinieren, was die Mosaikbildung im Phagengenom und die anschließende Evolution beeinflusst. Im vom Europäischen Forschungsrat finanzierten Projekt MULTIPHAGE sollen „Omik“-Technologien und experimentelle Analysen von Modellsystemen in Kultur eingesetzt werden, um das Verständnis der Phage-Phage- und der Phage-Wirt-Koevolution zu verbessern. Die Arbeitshypothese ist, dass die Phagenevolution auch durch die gleichzeitige Infektion des bakteriellen Wirts durch mehrere Phagen vorangetrieben wird. Angesichts der Rolle, die Phagen beim horizontalen Gentransfer und bei der Kontrolle bakterieller Populationen spielen, haben die Projektergebnisse das Potenzial, Anwendungen in der Biotechnologie und Medizin zu verbessern.
Ziel
Phage genomes represent an impressive mosaicism with different genomic regions having distinct evolutionary histories resulting from horizontal gene transfer. By initiating an estimated 10^25 bacterial infections globally every second, phages encounter and recombine with DNA of the host or of prophage origin, further adding to their genome mosaicism. Accumulating evidence, including from my work, suggest that the simultaneous infection of bacterial host by multiple phages (co-infection) could also be an important driver of phage genome evolution. However, methodological limitations have so far prevented rigorous testing of this hypothesis due to failure of studying phage co-infection in natural settings. MULTIPHAGE will overcome these limitations by developing a novel approach for precisely deciphering how phage co-infection governs the co-evolutionary dynamics of phage genomes by pursuing three objectives. First, my team will quantify the prevalence of phage co-infection by constructing phage-host infection networks. Then, we will decipher the co-evolutionary relations of phage genes with no detectable sequence homology, using the novel concept of clusters of orthologous structures (COSs) and reconstructing structural phylogeny. Finally, we will unearth phage-phage interaction and co-infection strategies in high resolution by taking advantage of cultured model systems containing multiple phages co-infecting a single bacterial host population. To achieve these objectives, we will combine integrated omics methods (metaHiC proximity ligation, long-read metagenomic sequencing, and single-cell amplified genomics), COSs and structural phylogeny with high-resolution experimental confirmation of co-infection strategies. With its ground-breaking approach, MULTIPHAGE will transform our view of phage-host co-evolution by uncovering how phage co-infection and broad host range modulate the complexity of the infection network, clarifying its enigmatic co-evolutionary dynamics.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht.
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