Objectif
Proteins embedded in membranes play key roles in maintaining cell integrity, homeostasis and communication. Emerging technologies (nanopore sequencing, synthetic cells, …) imitate biological systems and repurpose membrane protein for the transport and sensing of new analytes through synthetic membranes. These applications have fuelled the demand for (synthetic) membrane proteins with properties and functions not observed in nature. Structure-based computational protein design is revolutionizing many aspects of biotechnology but has almost exclusively focused on protein folding in water. The aim of PoreMADNeSS is to develop innovative strategies to enable the design of transmembrane β-barrels (TMBs), a class of membrane proteins with excellent properties to act as nanopore sensors. Using multidisciplinary approaches, we will address basic biophysical knowledge gaps that currently limit TMB design. The design of TMB folding in synthetic membranes gives access to a wealth of TMB sequences and structures not sampled by nature because of constraints associated with biogenesis and with the composition of biomembranes. We propose a combination of massive parallel de novo design and adaptive machine learning to explore this unknown TMB space, to gain crucial insight into the determinants of TMB folding and to develop robust design methods. As a proof-of-concept, PoreMADNeSS will focus on the design of steroid sensing nanopores. Our strategy is to design a cortisol binding site across the transmembrane channel, which would act as the reading head for single molecule fingerprinting. My lab was first to demonstrate the feasibility of TMB design and has established a design pipeline from computation to electrophysiology and biochemical characterization. This project has all the components to translate into transformative advances in nanopore sensing and sequencing by providing the nanopore R&D community with accurate and innovational computational design methodologies.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale physiologie homéostasie
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2023-STG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
9052 ZWIJNAARDE - GENT
Belgique
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.