Ziel
Proteins embedded in membranes play key roles in maintaining cell integrity, homeostasis and communication. Emerging technologies (nanopore sequencing, synthetic cells, …) imitate biological systems and repurpose membrane protein for the transport and sensing of new analytes through synthetic membranes. These applications have fuelled the demand for (synthetic) membrane proteins with properties and functions not observed in nature. Structure-based computational protein design is revolutionizing many aspects of biotechnology but has almost exclusively focused on protein folding in water. The aim of PoreMADNeSS is to develop innovative strategies to enable the design of transmembrane β-barrels (TMBs), a class of membrane proteins with excellent properties to act as nanopore sensors. Using multidisciplinary approaches, we will address basic biophysical knowledge gaps that currently limit TMB design. The design of TMB folding in synthetic membranes gives access to a wealth of TMB sequences and structures not sampled by nature because of constraints associated with biogenesis and with the composition of biomembranes. We propose a combination of massive parallel de novo design and adaptive machine learning to explore this unknown TMB space, to gain crucial insight into the determinants of TMB folding and to develop robust design methods. As a proof-of-concept, PoreMADNeSS will focus on the design of steroid sensing nanopores. Our strategy is to design a cortisol binding site across the transmembrane channel, which would act as the reading head for single molecule fingerprinting. My lab was first to demonstrate the feasibility of TMB design and has established a design pipeline from computation to electrophysiology and biochemical characterization. This project has all the components to translate into transformative advances in nanopore sensing and sequencing by providing the nanopore R&D community with accurate and innovational computational design methodologies.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Grundlagenmedizin Physiologie Homöostase
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) ERC-2023-STG
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
9052 ZWIJNAARDE - GENT
Belgien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.