Descripción del proyecto
Un análisis más detallado de los secretos del cáncer para sobrevivir
Los mecanismos de supervivencia del cáncer suponen un obstáculo formidable en el tratamiento. Tras la inactivación de los genes cancerígenos esenciales, se produce una compleja interacción de señales que afecta a las vías de supervivencia celular. El equipo del proyecto DepSHOCK, financiado por el Consejo Europeo de Investigación, pretende abordar este intrincado fenómeno, denominado choque de dependencia del cáncer, que sigue siendo enigmático en cuanto a su abordaje terapéutico. En concreto, el equipo de investigación pretende descifrar estas huellas para revelar marcadores cruciales para la supervivencia de las células cancerosas. Utilizando métodos computacionales innovadores y analizando conjuntos de datos transcripcionales sin precedentes a resolución unicelular, pretenden identificar dianas terapéuticas. El equipo del proyecto aspira a liderar el descubrimiento precoz de fármacos contra el cáncer aportando marcadores de base y conocimientos para desarrollar tratamientos combinatorios.
Objetivo
The oncogenic shock model has been introduced to describe the interplay between pro-survival and pro-apoptotic signals that follow an oncogene's inactivation and lead to cancer cell death.
In my recent work, I demonstrated that identifying novel cancer dependencies through systematic computational analyses of CRISPR functional genetic screens and multi-omic data is an excellent means to discover and prioritise new anti-cancer therapeutic targets. Here, I extend the oncogenic shock concept to any cancer dependency gene. I call cancer dependency shock (DepSHOCK) the signal dynamics interplay that follows the ablation of any gene essential for cancer cell survival, i.e. cancer dependency gene. Any DepSHOCK triggers the sudden inactivation of pro-survival pathways and activates death- inducing signals, with both events impacting down-streaming transcription factors, leaving a measurable gene expression footprint. My hypothesis is that each DepSHOCK footprint can be deconvoluted to infer transcriptional markers of signals that emanate from a dependency gene and drive cancer cell survival through the constitutive activity of specific biological pathways. Here I propose to investigate this hypothesis across tissues, canonical oncogenic addictions, and novel candidate cancer therapeutic targets. To this aim, I plan to establish an experimental/computational platform for the generation and the analysis of unprecedented transcriptional datasets obtained at single-cell resolution upon genetic perturbation of a rationally selected panel of cancer cell lines and therapeutically relevant dependency genes. My overarching goal will be to study the information content of the DepSHOCK footprints and their potential use as computational tools in early anti-cancer drug discovery through new statistical and machine-learning methods delivering mechanistically grounded therapeutic markers and hints for the design of combinatorial therapies.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Palabras clave
Programa(s)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Régimen de financiación
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstitución de acogida
20157 Milano
Italia