Descrizione del progetto
Uno sguardo più attento ai segreti di sopravvivenza del cancro
I meccanismi di sopravvivenza del cancro rappresentano un ostacolo formidabile per il trattamento. In seguito all’inattivazione di geni oncologici essenziali, si verifica una complessa interazione di segnali che influisce sulle vie di sopravvivenza delle cellule. Il progetto DepSHOCK, finanziato dal CER, si propone di risolvere questo intricato fenomeno, denominato shock oncogenico, che rimane enigmatico per quanto riguarda gli obiettivi terapeutici. In particolare, il team di ricerca intende decifrare queste impronte per rivelare i marcatori cruciali per la sopravvivenza delle cellule tumorali. Utilizzando metodi computazionali innovativi e analizzando serie di dati trascrizionali senza precedenti con una risoluzione a livello di singola cellula, l’obiettivo è quello di identificare i bersagli terapeutici. Il progetto aspira ad aprire la strada alla scoperta di farmaci precoci contro il cancro, fornendo marcatori fondati e spunti per lo sviluppo di terapie combinatorie.
Obiettivo
The oncogenic shock model has been introduced to describe the interplay between pro-survival and pro-apoptotic signals that follow an oncogene's inactivation and lead to cancer cell death.
In my recent work, I demonstrated that identifying novel cancer dependencies through systematic computational analyses of CRISPR functional genetic screens and multi-omic data is an excellent means to discover and prioritise new anti-cancer therapeutic targets. Here, I extend the oncogenic shock concept to any cancer dependency gene. I call cancer dependency shock (DepSHOCK) the signal dynamics interplay that follows the ablation of any gene essential for cancer cell survival, i.e. cancer dependency gene. Any DepSHOCK triggers the sudden inactivation of pro-survival pathways and activates death- inducing signals, with both events impacting down-streaming transcription factors, leaving a measurable gene expression footprint. My hypothesis is that each DepSHOCK footprint can be deconvoluted to infer transcriptional markers of signals that emanate from a dependency gene and drive cancer cell survival through the constitutive activity of specific biological pathways. Here I propose to investigate this hypothesis across tissues, canonical oncogenic addictions, and novel candidate cancer therapeutic targets. To this aim, I plan to establish an experimental/computational platform for the generation and the analysis of unprecedented transcriptional datasets obtained at single-cell resolution upon genetic perturbation of a rationally selected panel of cancer cell lines and therapeutically relevant dependency genes. My overarching goal will be to study the information content of the DepSHOCK footprints and their potential use as computational tools in early anti-cancer drug discovery through new statistical and machine-learning methods delivering mechanistically grounded therapeutic markers and hints for the design of combinatorial therapies.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Parole chiave
Programma(i)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Argomento(i)
Invito a presentare proposte
(si apre in una nuova finestra) ERC-2023-COG
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HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsIstituzione ospitante
20157 Milano
Italia