Description du projet
Zoom sur les secrets de la survie du cancer
Les mécanismes de survie des cellules cancéreuses constituent un formidable obstacle au traitement. Après l’inactivation des gènes essentiels du cancer, une interaction complexe de signaux se produit qui affecte les voies de survie des cellules. Qualifiant ce phénomène complexe de choc de dépendance du cancer, dont le ciblage thérapeutique demeure énigmatique, le projet DepSHOCK, financé par le CER, entend relever ce défi. Plus précisément, l’équipe de recherche se propose de déchiffrer ces empreintes pour révéler des marqueurs cruciaux pour la survie des cellules cancéreuses. S’appuyant sur des méthodes informatiques innovantes et en analysant des ensembles de données transcriptionnelles inédits à une résolution unicellulaire, ils entendent identifier des cibles thérapeutiques. Le projet espère ouvrir la voie à la découverte précoce de médicaments anticancéreux en fournissant des marqueurs et des informations de base pour le développement de thérapies combinatoires.
Objectif
The oncogenic shock model has been introduced to describe the interplay between pro-survival and pro-apoptotic signals that follow an oncogene's inactivation and lead to cancer cell death.
In my recent work, I demonstrated that identifying novel cancer dependencies through systematic computational analyses of CRISPR functional genetic screens and multi-omic data is an excellent means to discover and prioritise new anti-cancer therapeutic targets. Here, I extend the oncogenic shock concept to any cancer dependency gene. I call cancer dependency shock (DepSHOCK) the signal dynamics interplay that follows the ablation of any gene essential for cancer cell survival, i.e. cancer dependency gene. Any DepSHOCK triggers the sudden inactivation of pro-survival pathways and activates death- inducing signals, with both events impacting down-streaming transcription factors, leaving a measurable gene expression footprint. My hypothesis is that each DepSHOCK footprint can be deconvoluted to infer transcriptional markers of signals that emanate from a dependency gene and drive cancer cell survival through the constitutive activity of specific biological pathways. Here I propose to investigate this hypothesis across tissues, canonical oncogenic addictions, and novel candidate cancer therapeutic targets. To this aim, I plan to establish an experimental/computational platform for the generation and the analysis of unprecedented transcriptional datasets obtained at single-cell resolution upon genetic perturbation of a rationally selected panel of cancer cell lines and therapeutically relevant dependency genes. My overarching goal will be to study the information content of the DepSHOCK footprints and their potential use as computational tools in early anti-cancer drug discovery through new statistical and machine-learning methods delivering mechanistically grounded therapeutic markers and hints for the design of combinatorial therapies.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2023-COG
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HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstitution d’accueil
20157 Milano
Italie