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AdaptiveTarget: Accessing haplotype variation at complex loci with optimized targeting and adaptive sampling

Projektbeschreibung

Informationen über Pflanzengenome mittels Bioinformatik gewinnen

Die genetische Variation von Resistenzgenen ist für die landwirtschaftlichen Erträge entscheidend, doch die Untersuchung dieser komplexen genomischen Regionen und krankheitsresistenten Gene stellt eine Herausforderung dar. Die derzeitigen Methoden sind begrenzt und verhindern ein umfassendes Verständnis der genetischen Variation für die Verbesserung von Kulturpflanzen. Ziel des ERC-finanzierten Projekts AdaptiveTarget ist es in diesem Zusammenhang, eine Methode der Bioinformatik zu entwickeln, die gezielte Long-Read-Sequenzierung für komplexe genomische Regionen in Pflanzen verwendet. Dadurch können Forschende und Zuchtbetriebe schnell, effizient und kostengünstig Haplotyp-Informationen auf Populationsebene erhalten. Im Rahmen des Projekts wird die Methode zunächst durch Tests an komplexen Loci von agronomischer Bedeutung validiert. Anschließend werden Möglichkeiten für die Patentierung und Lizenzierung der Methode untersucht. Diese Methode könnte Innovation fördern, indem sie präzise Zuchtmethoden erleichtert, insbesondere zur Verbesserung der Krankheits- und Schädlingsresistenz.

Ziel

Genetic variation at resistance loci is crucial for sustained crop yield, given the challenges and increased pest and pathogen pressures resulting from a warming climate. Despite recent advances in massively parallel sequencing, disease resistance loci and other complex genomic regions of great practical, economical and scientific importance remain challenging to study. The severe limitations of current methods pose a major problem for fully understanding and harnessing genetic variation for crop improvement. We will develop AdaptiveTarget as a bioinformatic method based on targeted long-read sequencing, that will allow researchers and breeders to quickly, efficiently and inexpensively obtain population-level haplotype information for complex genomic regions such as resistance genes and self-incompatibility loci in plants. To explore the innovation potential of our ERC-funded research we will first undertake research to test and validate the project idea. Validation will benefit from known haplotype data for the complex S-locus supergene, produced in the ERC-funded project SuperGenE. To demonstrate the general utility of the method we will apply it to real-world examples consisting of complex loci of agronomic importance. Once the method is validated, we will investigate options for patenting and licensing the method. Our AdaptiveTarget method for fast and efficient targeted sequencing of complex genomic regions could greatly facilitate assessment of genetic variation at complex genomic regions of outstanding scientific, practical and economic interest. Therefore, our method could help drive innovation in several ways, by allowing the development of more efficient methods to conduct precision breeding for disease and pest resistance.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants

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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

(öffnet in neuem Fenster) ERC-2023-POC

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Gastgebende Einrichtung

STOCKHOLMS UNIVERSITET
Netto-EU-Beitrag

Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.

€ 150 000,00
Adresse
UNIVERSITETSVAGEN 10
10691 Stockholm
Schweden

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Region
Östra Sverige Stockholm Stockholms län
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

Keine Daten

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