Descrizione del progetto
Metodo bioinformatico per estrarre informazioni genomiche dalle piante
La variazione genetica dei geni di resistenza è essenziale per la resa delle colture, ma lo studio di queste complesse regioni genomiche e dei geni di resistenza alle malattie pone delle sfide. I metodi attuali presentano limitazioni che impediscono una comprensione completa della variazione genetica per il miglioramento delle colture. In questo contesto, il progetto AdaptiveTarget, finanziato dal CER, intende sviluppare un metodo bioinformatico che utilizzi il sequenziamento mirato a lettura lunga per regioni genomiche vegetali complesse. Ciò consentirà a ricercatori e allevatori di ottenere informazioni sugli aplotipi a livello di popolazione in modo rapido, efficiente ed economico. Il progetto intende inizialmente convalidare il metodo testandolo su loci complessi di importanza agronomica, per poi esplorare le opzioni di brevetto e di licenza. Questo metodo potrebbe promuovere l’innovazione facilitando i metodi di riproduzione di precisione, soprattutto per migliorare la resistenza alle malattie e ai parassiti.
Obiettivo
Genetic variation at resistance loci is crucial for sustained crop yield, given the challenges and increased pest and pathogen pressures resulting from a warming climate. Despite recent advances in massively parallel sequencing, disease resistance loci and other complex genomic regions of great practical, economical and scientific importance remain challenging to study. The severe limitations of current methods pose a major problem for fully understanding and harnessing genetic variation for crop improvement. We will develop AdaptiveTarget as a bioinformatic method based on targeted long-read sequencing, that will allow researchers and breeders to quickly, efficiently and inexpensively obtain population-level haplotype information for complex genomic regions such as resistance genes and self-incompatibility loci in plants. To explore the innovation potential of our ERC-funded research we will first undertake research to test and validate the project idea. Validation will benefit from known haplotype data for the complex S-locus supergene, produced in the ERC-funded project SuperGenE. To demonstrate the general utility of the method we will apply it to real-world examples consisting of complex loci of agronomic importance. Once the method is validated, we will investigate options for patenting and licensing the method. Our AdaptiveTarget method for fast and efficient targeted sequencing of complex genomic regions could greatly facilitate assessment of genetic variation at complex genomic regions of outstanding scientific, practical and economic interest. Therefore, our method could help drive innovation in several ways, by allowing the development of more efficient methods to conduct precision breeding for disease and pest resistance.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP.
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Programma(i)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept GrantsIstituzione ospitante
10691 Stockholm
Svezia