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AdaptiveTarget: Accessing haplotype variation at complex loci with optimized targeting and adaptive sampling

Descrizione del progetto

Metodo bioinformatico per estrarre informazioni genomiche dalle piante

La variazione genetica dei geni di resistenza è essenziale per la resa delle colture, ma lo studio di queste complesse regioni genomiche e dei geni di resistenza alle malattie pone delle sfide. I metodi attuali presentano limitazioni che impediscono una comprensione completa della variazione genetica per il miglioramento delle colture. In questo contesto, il progetto AdaptiveTarget, finanziato dal CER, intende sviluppare un metodo bioinformatico che utilizzi il sequenziamento mirato a lettura lunga per regioni genomiche vegetali complesse. Ciò consentirà a ricercatori e allevatori di ottenere informazioni sugli aplotipi a livello di popolazione in modo rapido, efficiente ed economico. Il progetto intende inizialmente convalidare il metodo testandolo su loci complessi di importanza agronomica, per poi esplorare le opzioni di brevetto e di licenza. Questo metodo potrebbe promuovere l’innovazione facilitando i metodi di riproduzione di precisione, soprattutto per migliorare la resistenza alle malattie e ai parassiti.

Obiettivo

Genetic variation at resistance loci is crucial for sustained crop yield, given the challenges and increased pest and pathogen pressures resulting from a warming climate. Despite recent advances in massively parallel sequencing, disease resistance loci and other complex genomic regions of great practical, economical and scientific importance remain challenging to study. The severe limitations of current methods pose a major problem for fully understanding and harnessing genetic variation for crop improvement. We will develop AdaptiveTarget as a bioinformatic method based on targeted long-read sequencing, that will allow researchers and breeders to quickly, efficiently and inexpensively obtain population-level haplotype information for complex genomic regions such as resistance genes and self-incompatibility loci in plants. To explore the innovation potential of our ERC-funded research we will first undertake research to test and validate the project idea. Validation will benefit from known haplotype data for the complex S-locus supergene, produced in the ERC-funded project SuperGenE. To demonstrate the general utility of the method we will apply it to real-world examples consisting of complex loci of agronomic importance. Once the method is validated, we will investigate options for patenting and licensing the method. Our AdaptiveTarget method for fast and efficient targeted sequencing of complex genomic regions could greatly facilitate assessment of genetic variation at complex genomic regions of outstanding scientific, practical and economic interest. Therefore, our method could help drive innovation in several ways, by allowing the development of more efficient methods to conduct precision breeding for disease and pest resistance.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) ERC-2023-POC

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Istituzione ospitante

STOCKHOLMS UNIVERSITET
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 150 000,00
Indirizzo
UNIVERSITETSVAGEN 10
10691 Stockholm
Svezia

Mostra sulla mappa

Regione
Östra Sverige Stockholm Stockholms län
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato

Beneficiari (1)

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