Unraveling the dark matter of infectious diseases, environmental and genetic factors tipping the balance towards NCDs

Informations projet

ID-DarkMatter-NCD

N° de convention de subvention: 101136582

DOI

10.3030/101136582

Date de signature de la CE 11 Decembre 2023

Date de début 1 Janvier 2024

Date de fin 31 Decembre 2028

Financé au titre de

• Health

Coût total

€ 7 185 870,01

Contribution de l’UE

€ 7 185 361,00

Coordonné par

MEDIZINISCHE UNIVERSITAET WIEN
Austria

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (3)

Ethics framework

Ethics and Governance framework (HRequirement No. 1 [9], POPD- Requirement no 3 [6])

Genetic data

Report on data curation & exchange

D,E,C plan

Plan for dissemination, exploit, comm

Data Management Plan (1)

DMP

Data management plan

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Public website

Public website of ID-DarkMatter-NCD

Publications

Peer reviewed articles (25)

Antigen-specific activation of gut immune cells drives autoimmune neuroinflammation

Auteurs: Lena K. Siewert, Kristina Berve, Elisabeth Pössnecker, Julia Dyckow, Amel Zulji, Ryan Baumann, Aida Munoz-Blazquez, Gurumoorthy Krishnamoorthy, David Schreiner, Sharon Sagan, Charlotte Nelson, Joseph J. Sabatino, Kazuki Nagashima, Médéric Diard, Andrew J. Macpherson, Stephanie C. Ganal-Vonarburg, Michael A. Fischbach, Scott S. Zamvil, Lucas Schirmer, Sergio E. Baranzini, Anne-Katrin Pröbstel
Publié dans: Gut Microbes, Numéro 18, 2026, ISSN 1949-0976
Éditeur: Informa UK Limited
DOI: 10.1080/19490976.2025.2601430

A journey to your self: The vague definition of immune self and its practical implications

Auteurs: Koncz, Balázs; Balogh, Gergő Mihály; Manczinger, Máté
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, ISSN 1091-6490
Éditeur: National Academy of Sciences.
DOI: 10.1073/PNAS.2309674121

Molecular Systems Biology

Auteurs: Szilvia Juhász; Benjamin Tamás Papp; Anna Tácia Fülöp; Zoltán Farkas; Dávid Kókai; Dóra Alexandra Gyémánt; Franciska Tóth; Zsófia Nacsa; Dóra Spekhardt; Balázs Koncz; Péter Burkovics; Csaba Pál; Máté Manczinger
Publié dans: Molecular Systems Biology, 2026, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S44320-026-00193-X

Systemic antibody responses against bacterial and viral antigens associate with fatigue in patients with inflammatory bowel disease

Auteurs: Maximilian G Griesbaum, Thomas Vogl, Marijn C Visschedijk, Eleonora A M Festen, Gerard Dijkstra, Adina Weinberger, Eran Segal, Rinse K Weersma, Arno R Bourgonje
Publié dans: iScience, 2026, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press, an imprint of Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2026.116828

Associations between HLA-II variation and antibody specificity are predicted by antigen properties

Auteurs: Innocenti G.; Andreu-Sánchez S.; Hörstke N.V.; Elabd H.; Barozzi I.; Franke A.; Manczinger M.; Vogl T.
Publié dans: Genome Medicine, 2025, ISSN 1756-994X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/S13073-025-01486-W

Mapping adaptive immune responses toward fungal antigens in inflammatory bowel disease using T cell repertoire sequencing and phage-immunoprecipitation sequencing

Auteurs: Mahdy AKH, ElAbd H, Prinzensteiner M, Jebens H, Sivickis K, Bacher P, Vogl T, Franke A, et al
Publié dans: Journal of Crohn's and Colitis, 2026, ISSN 1876-4479
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ECCO-JCC/JJAG015

Free Radical Biology and Medicine

Auteurs: Sem Geertsema; Hannah J. Holstein; Marian L.C. Bulthuis; Sofie de Jong; Marjan Reinders-Luinge; Karin Koerts-Steijn; Anneke C. Muller Kobold; Klaas Nico Faber; Harry van Goor; Gerard Dijkstra; Arno R. Bourgonje
Publié dans: Free Radical Biology and Medicine, 2026, ISSN 0891-5849
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.FREERADBIOMED.2025.11.057

Anti-CD20 B cell depletion is associated with elevated mucosal-originating circulating regulatory IgA B cells in multiple sclerosis

Auteurs: Tradite Neziraj, Elisabeth Pössnecker, Angela A. Wang, Paul Saary, Adrian-Minh Schumacher, Florian Ingelfinger, Amandine Mathias, Edoardo Galli, Marco Häfelfinger, Michelle Zuo, Samuel Jones, Vasiliki Pantazou, Joep Killestein, Sabine Schädelin, Pascal Benkert, Cristina Granziera, Caroline Pot, Antje Bischof, Jan Hendrik Niess, Magdalena Filipowicz Sinnreich, Tobias Derfuss, Charlotte E. Teunissen, Jens Kuhle, David A. Hafler, Renaud Du Pasquier, Yoshiaki Yasumizu, Jennifer L. Gommerman, Anne-Katrin Pröbstel
Publié dans: Science Translational Medicine, Numéro 18, 2026, ISSN 1946-6234
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/SCITRANSLMED.AEE1580

Deciphering the prodrome of inflammatory bowel disease up to 10 years before disease onset by massively parallel serology

Auteurs: Arno R Bourgonje, Gabriel Innocenti, Alexandra E Livanos, Melanie Prinzensteiner, Jared S Magee, Mark S Riddle, Renee M Laird, Thierry Dervieux, Chad K Porter, Sacha Gnjatic, Francesca Petralia, Joana Torres, Mayte Suárez-Fariñas, Thomas Vogl, Jean-Frederic Colombel, Saurabh Mehandru
Publié dans: Gut, 2026, ISSN 0017-5749
Éditeur: BMJ
DOI: 10.1136/GUTJNL-2025-337762

Nature Communications

Auteurs: Manczinger, Innocenti, Vogl, Zhernakova, Weersma, Et Al.
Publié dans: Nature Communications 2026, 2026, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41467-019-14177-z

Molecular mimicry in the pathogenesis of autoimmune rheumatic diseases

Auteurs: Michaela Fehringer; Thomas Vogl
Publié dans: Journal of Translational Autoimmunity, 2025, ISSN 2589-9090
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/J.JTAUTO.2025.100269

Patient-Derived Monoclonal Myelin Oligodendrocyte Glycoprotein Autoantibodies Mediate Cytotoxicity

Auteurs: Nora Sandrine Wetzel, Laila Kulsvehagen, Anne-Catherine Lecourt, Beata Filipek, Patrick Lipps, Laura Rieder, Kristina Berve, Gurumoorthy Krishnamoorthy, Bert A. 't Hart, Lucas Schirmer, Soumya S. Yandamuri, Kevin C. O'Connor, Anne-Katrin Pröbstel
Publié dans: Neurology Neuroimmunology & Neuroinflammation, Numéro 13, 2025, ISSN 2332-7812
Éditeur: Ovid Technologies (Wolters Kluwer Health)
DOI: 10.1212/NXI.0000000000200520

Myelin antigen capture in the CNS by B cells expressing EBV latent membrane protein 1 leads to demyelinating lesion formation

Auteurs: Kim, Schneider, Raach, Karypidis, Roux, Perdikaris, Holdermann, Pröbstel, et al.
Publié dans: Cell, ISSN 1097-4172
Éditeur: Cell Press, an imprint of Elsevier
DOI: 10.1016/j.cell.2025.12.031

Nature Communications

Auteurs: Rakoff-Nahoum, Seth; Debelius, Justine; Valles-Colomer, Mireia; Noordzij, Hanna Theodora; Esteban-Torres, Maria; Zhernakova, Alexandra; Brusselaers, Nele; Pettersen, Veronika Kuchařová
Publié dans: Nature Communications, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group (Springer Nature)
DOI: 10.1038/S41467-025-61998-2

A reconceptualized framework for human microbiome transmission in early life

Auteurs: Seth Rakoff-Nahoum, Justine Debelius, Mireia Valles-Colomer, Hanna Theodora Noordzij, Maria Esteban-Torres, Alexandra Zhernakova, Nele Brusselaers, Veronika Kuchařová Pettersen
Publié dans: Nature Communications, Numéro 16, 2025, ISSN 2041-1723
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-61998-2

Elevated serum glutathione reflects endoscopic disease activity in inflammatory bowel disease

Auteurs: Sem Geertsema, Hannah J. Holstein, Marian L.C. Bulthuis, Sofie de Jong, Marjan Reinders-Luinge, Karin Koerts-Steijn, Anneke C. Muller Kobold, Klaas Nico Faber, Harry van Goor, Gerard Dijkstra, Arno R. Bourgonje
Publié dans: Free Radical Biology and Medicine, Numéro 243, 2026, ISSN 0891-5849
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.FREERADBIOMED.2025.11.057

Modulator of VRAC Current 1 Is a Potential Target Antigen in Multiple Sclerosis

Auteurs: Johannes Raffael Dahl; Alicia Weier; Christopher Winter; Maik Hintze; Veit Rothhammer; Thanos Tsaktanis; Anne-Katrin Proebstel; Tradite Neziraj; Elisabeth Poessnecker; Johanna Oechtering; Jens Kuhle; Boris-Alexander Kallmann; Gabriele Luber; Thorsten Heider; Luisa Klotz; Rittika Chunder; Stefanie Kuerten
Publié dans: Neurology: Neuroimmunology & Neuroinflammation, 2025, ISSN 2332-7812
Éditeur: Ovid Technologies (Wolters Kluwer Health) — published on behalf of the American Academy of Neurology
DOI: 10.1212/NXI.0000000000200374

Genome Medicine

Auteurs: Innocenti, Gabriel; Andreu-Sánchez, Sergio; Hörstke, Nicolai V.; Elabd, Hesham; Barozzi, Iros; Franke, Andre; Manczinger, Máté; Vogl, Thomas
Publié dans: Genome Medicine, 2025, ISSN 1756-994X
Éditeur: BMC
DOI: 10.1186/S13073-025-01486-W

Digestive Diseases and Sciences

Auteurs: Bourgonje, Arno R.; Posner, Hannah; Carbonnel, Franck; Colombel, Jean-Frédéric; Kayal, Maia
Publié dans: Digestive Diseases and Sciences, 2025, ISSN 0163-2116
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC (Springer)
DOI: 10.1007/S10620-024-08809-8

Immune signatures link myelin oligodendrocyte glycoprotein antibody–associated disease to other autoantibody-mediated conditions

Auteurs: Jonas Schmid, Chiara Alberti, Laura Power, Nicolás G. Nuñez, Donatella De Feo, Sofia Tyystjärvi, Laila Kulsvehagen, Victor Kreiner, Ana Beatriz Ayroza Bleher, Patrick Lipps, Stijn Swinnen, Florian Ingelfinger, Can Ulutekin, Camille Chaubet, Susanne Unger, Stefanie Kreutmair, Romain Marignier, Thomas Korn, Anne-Katrin Pröbstel, Roland Liblau, Burkhard Becher
Publié dans: Science Translational Medicine, Numéro 17, 2025, ISSN 1946-6234
Éditeur: American Association for the Advancement of Science (AAAS)
DOI: 10.1126/SCITRANSLMED.ADW0358

Untargeted faecal metabolomics for the discovery of biomarkers and treatment targets for inflammatory bowel diseases

Auteurs: Arnau Vich Vila, Jingwan Zhang, Moting Liu, Klaas Nico Faber, Rinse K Weersma
Publié dans: Gut, Numéro 73, 2024, ISSN 0017-5749
Éditeur: BMJ
DOI: 10.1136/GUTJNL-2023-329969

Systemic antibody responses against gut microbiota flagellins implicate shared and divergent immune reactivity in Crohn’s disease and chronic fatigue syndrome

Auteurs: Bourgonje, Arno R.; Hörstke, Nicolai V.; Fehringer, Michaela; Innocenti, Gabriel; Vogl, Thomas
Publié dans: Microbiome, 2024, ISSN 2049-2618
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/S40168-024-01858-1

Gut

Auteurs: Arnau Vich Vila; Jingwan Zhang; Moting Liu; Klaas Nico Faber; Rinse K Weersma
Publié dans: Gut, 2024, ISSN 0017-5749
Éditeur: BMJ
DOI: 10.1136/GUTJNL-2023-329969

Das Mikrobiom bei rheumatoider Arthritis und systemischem Lupus erythematodes

Auteurs: Michaela Fehringer; Thomas Vogl
Publié dans: rheuma plus, 2025, ISSN 1868-260X
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/S12688-025-00857-W

Five dominant amino acid substitution signatures shape tumour immunity

Auteurs: Szilvia Juhász, Benjamin Tamás Papp, Anna Tácia Fülöp, Zoltán Farkas, Dávid Kókai, Dóra Alexandra Gyémánt, Franciska Tóth, Zsófia Nacsa, Dóra Spekhardt, Balázs Koncz, Péter Burkovics, Csaba Pál, Máté Manczinger
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 22, 2026, ISSN 1744-4292
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S44320-026-00193-X