Description du projet
Éléments non codants conservés: l’évolution du génome régulateur
Bien que près de 99 % du génome humain soit non codant, il est biologiquement actif et essentiel aux processus fondamentaux. Les éléments non codants conservés (CNE) sont des séquences d'ADN qui peuvent être conservées au sein d'une espèce pendant des centaines d'années. Nous ignorons comment ils évoluent au niveau fonctionnel et pourquoi ils sont si bien conservés. Avec le soutien du programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet ENCORE se propose de combler cette lacune de connaissances, en émettant l'hypothèse que les CNE sont d'anciens pôles de liaison aux facteurs de transcription qui agissent comme des régulateurs multigéniques dynamiques auxquels de nouvelles cibles génétiques peuvent être ajoutées ou retirées durant l'évolution. Il établira des cartes des interactions conservées, gagnées et perdues chez différentes espèces et testeront leur impact fonctionnel.
Objectif
Thousands of Conserved Non-coding Elements (CNEs) are shared by jawed vertebrates, some of which were shown to be important developmental enhancers. However, how these intriguing elements evolve at the functional level and why they are so conserved in sequence remain some of the biggest mysteries in the field of regulatory genomics. In this project, I build a novel view of CNE function and evolution based on my preliminary data and recent breakthroughs on enhancer pleiotropy. This working hypothesis posits that CNEs are ancient transcription factor binding hubs that act as dynamic multi-genic regulators to which new gene targets can be added/removed during evolution. Taking advantage of the exceptional conservation of CNEs, I propose the experimental framework to test this hypothesis on orthologous elements across major vertebrate clades using cutting-edge methodology combining Capture-HiC, RNA-seq and ATAC-seq in shark, chicken and mouse. This approach will provide comparative CNE-target contact maps that will reveal conserved as well as gained and lost interactions in each species, whose functional impact will be tested using CRISPR knockout and interference in mouse neuronal differentiation. In summary, this project will address long-standing questions on the evolution of the regulatory genome and offer insights into the flexibility of enhancers to acquire and lose targets in evolution, expanding our understanding on the pervasiveness and evolution of regulatory pleiotropy.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2023-PF-01
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HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsCoordinateur
08003 Barcelona
Espagne