Opis projektu
Zachowawcze elementy niekodujące: ewolucja regulacyjnego regionu genomu
Chociaż prawie 99% ludzkiego genomu jest niekodujące, ta jego część jest biologicznie aktywna i niezbędna dla podstawowych procesów. Zachowawcze elementy niekodujące (CNE) to sekwencje DNA, które mogą być zachowane w obrębie gatunku przez setki lat. Nie wiadomo, w jaki sposób ewoluują one na poziomie funkcjonalnym i dlaczego są tak zachowawcze. Realizowany przy wsparciu programu działań „Maria Skłodowska-Curie” projekt ENCORE ma na celu wypełnienie tej luki w wiedzy, wychodząc od hipotezy, że CNE są dawnymi centrami wiążącymi czynniki transkrypcyjne, które działają jako dynamiczne regulatory wielogenowe, do których nowe cele genowe mogą być dodawane lub usuwane podczas ewolucji. Uczeni opracują mapy zachowawczych, pozyskanych i utraconych interakcji u różnych gatunków i przetestują ich wpływ funkcjonalny.
Cel
Thousands of Conserved Non-coding Elements (CNEs) are shared by jawed vertebrates, some of which were shown to be important developmental enhancers. However, how these intriguing elements evolve at the functional level and why they are so conserved in sequence remain some of the biggest mysteries in the field of regulatory genomics. In this project, I build a novel view of CNE function and evolution based on my preliminary data and recent breakthroughs on enhancer pleiotropy. This working hypothesis posits that CNEs are ancient transcription factor binding hubs that act as dynamic multi-genic regulators to which new gene targets can be added/removed during evolution. Taking advantage of the exceptional conservation of CNEs, I propose the experimental framework to test this hypothesis on orthologous elements across major vertebrate clades using cutting-edge methodology combining Capture-HiC, RNA-seq and ATAC-seq in shark, chicken and mouse. This approach will provide comparative CNE-target contact maps that will reveal conserved as well as gained and lost interactions in each species, whose functional impact will be tested using CRISPR knockout and interference in mouse neuronal differentiation. In summary, this project will address long-standing questions on the evolution of the regulatory genome and offer insights into the flexibility of enhancers to acquire and lose targets in evolution, expanding our understanding on the pervasiveness and evolution of regulatory pleiotropy.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Słowa kluczowe
Program(-y)
- HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA) Main Programme
Zaproszenie do składania wniosków
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSystem finansowania
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European FellowshipsKoordynator
08003 Barcelona
Hiszpania