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High throughput development platform for oligonucleotide aptamers

Description du projet

Nouvelle conception de sonde pour l’analyse de molécules uniques

La thérapeutique, la microscopie à super-résolution et les essais biochimiques s’appuient sur des sondes d’affinité pour diverses applications, qui nécessitent toutes une cinétique de liaison spécifique variant en fonction de l’application. Malheureusement, les méthodes de développement actuelles ne permettent pas de spécifier la cinétique de liaison au cours du processus de conception. Cette limitation a entravé les découvertes et réduit considérablement le potentiel de ces technologies. Le projet SPARXS, financé par le CER, vise à développer une solution innovante: l’analyse parallèle de molécules uniques pour l’exploration rapide de l’espace des séquences (SPARXS). Cette solution utilisera des observations de molécules uniques et le séquençage à haut débit pour fournir des données cruciales, permettant la conception sur mesure de sondes avec une cinétique de liaison optimisée.

Objectif

The binding kinetics of an affinity probethe speed and duration with which it attaches to a target moleculemust be precisely tuned for numerous applications in therapeutics, super-resolution microscopy, and biochemical assays. The current methods of development lack the capability to specify these binding kinetics during probe design, resulting in the potential for effective drugs and relevant biological properties to remain undiscovered.

Here, I introduce a game-changing solution: Single-molecule Parallel Analysis for Rapid eXploration of Sequence space (SPARXS). SPARXS harnesses the power of single-molecule observations and subsequent high-throughput sequencing to simultaneously reveal the binding kinetics and sequences of millions of aptamers (affinity probes composed of nucleic acids). This process enables the tailored design of probes with the desired binding behavior for various applications.

This technology originated from my ERC Consolidator Grant project as a research tool, and its application can fulfill multiple practical demands. As SPARXS provides a particularly excellent fit for aptamer development, I have decided to enhance the platform with aptamer-specific features. Furthermore, I will conduct market research to understand the specific demands of users seeking defined-kinetic probes, which will facilitate commercialization of SPARXS-based aptamer design upon completion of the project.

In summary, SPARXS signifies a disruptive advancement in aptamer development and will revolutionize affinity probe design across the biotech industry. With minimal adaptations to the core technology, I anticipate a high potential for swift commercialization as a dedicated development platform.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Mots‑clés

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants

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Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2023-POC

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Institution d’accueil

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Contribution nette de l'UE
€ 150 000,00
Coût total
Aucune donnée

Bénéficiaires (1)