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High throughput development platform for oligonucleotide aptamers

Descrizione del progetto

Una nuova progettazione della sonda con l’analisi a singola molecola

Le terapie, la microscopia a super-risoluzione e i saggi biochimici si affidano a sonde di affinità per varie applicazioni, che richiedono tutte una cinetica di legame specifica a seconda dell’applicazione. Purtroppo, gli attuali metodi di sviluppo non sono in grado di specificare la cinetica di legame durante il processo di progettazione, generando una limitazione che ha ostacolato le scoperte e ridotto significativamente il potenziale insito in queste tecnologie. Il progetto SPARXS, finanziato dal CER, si propone di sviluppare una soluzione innovativa, ovvero l’analisi parallela a singola molecola per l’esplorazione rapida dello spazio delle sequenze, che ricorrerà all’osservazione di singole molecole e al sequenziamento ad alte prestazioni per fornire dati cruciali, consentendo la progettazione su misura di sonde caratterizzate da una cinetica di legame ottimizzata.

Obiettivo

The binding kinetics of an affinity probethe speed and duration with which it attaches to a target moleculemust be precisely tuned for numerous applications in therapeutics, super-resolution microscopy, and biochemical assays. The current methods of development lack the capability to specify these binding kinetics during probe design, resulting in the potential for effective drugs and relevant biological properties to remain undiscovered.

Here, I introduce a game-changing solution: Single-molecule Parallel Analysis for Rapid eXploration of Sequence space (SPARXS). SPARXS harnesses the power of single-molecule observations and subsequent high-throughput sequencing to simultaneously reveal the binding kinetics and sequences of millions of aptamers (affinity probes composed of nucleic acids). This process enables the tailored design of probes with the desired binding behavior for various applications.

This technology originated from my ERC Consolidator Grant project as a research tool, and its application can fulfill multiple practical demands. As SPARXS provides a particularly excellent fit for aptamer development, I have decided to enhance the platform with aptamer-specific features. Furthermore, I will conduct market research to understand the specific demands of users seeking defined-kinetic probes, which will facilitate commercialization of SPARXS-based aptamer design upon completion of the project.

In summary, SPARXS signifies a disruptive advancement in aptamer development and will revolutionize affinity probe design across the biotech industry. With minimal adaptations to the core technology, I anticipate a high potential for swift commercialization as a dedicated development platform.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept Grants

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) ERC-2023-POC

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Istituzione ospitante

TECHNISCHE UNIVERSITEIT DELFT
Contributo netto dell'UE
€ 150 000,00
Costo totale
Nessun dato

Beneficiari (1)