Description du projet
Décrypter la liaison des facteurs de transcription
Les facteurs de transcription revêtent une importance clinique car leurs mutations sont souvent associées à des maladies, et ils peuvent être la cible de traitements. Comprendre pourquoi un facteur de transcription se lie à une chromatine spécifique peut mener à une meilleure prédiction clinique et à des thérapies ciblées. Cependant, il n’existe actuellement aucun moyen de mesurer la cinétique biochimique des événements de liaison des facteurs de transcription. Le projet TF-KINETIX, financé par le CER, vise à développer de nouveaux outils protéomiques et génomiques qui mesureront la régulation de la cinétique de la liaison des facteurs de transcription au génome chromatinisé. Pour ce faire, il décryptera la cinétique de la liaison à l’échelle de l’interactome et du génome de trois facteurs de transcription associés au cancer du poumon. Il concevra également des modèles de liaison prédictifs afin d’élaborer des profils de liaison de facteurs de transcription spécifiques à l’état cellulaire.
Objectif
Transcription factor binding is orchestrated by a complex interplay between DNA sequence, chromatin composition, protein interactions, and transcription factor concentration. These regulatory features determine the binding kinetics: how long it takes for a certain amount of transcription factor to associate, and subsequently dissociate from specific binding sites. These kinetics are in turn determined by the thermodynamic properties of each interaction.
It is currently not possible to measure the biochemical kinetics of transcription factor binding across the chromatinized genome inside the nucleus of a cell. To understand why a transcription factor binds to a specific chromatin:DNA-sequence context in a specific cellular state at a specific time, we need to measure how chromatin and DNA influence the biochemical parameters that underpin transcription factor binding. This gap in knowledge limits our functional understanding of why a binding event occurs, and it hampers accurate predictions of transcription factor binding.
Here, I will establish a novel proteomics and genomics toolkit to decipher the regulation of transcription factor binding kinetics to the chromatinized genome. I will resolve interactome- and genome-wide binding kinetics of three lung-cancer-associated transcription factors. By delineating association and dissociation rates, and changes in disorder and binding energy, of all binding events across the genome, I aim to obtain a quantitative understanding of how the proteome composition, epigenetic landscape, and genetic code dictate transcription factor binding. Finally, I will build predictive binding models to engineer cell-state-specific transcription factor binding profiles.
Together, this will transform our knowledge about transcription factor binding into a functional understanding where instead of observing, we understand why each binding event occurs when it occurs, and how we can steer these events.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines protéomique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2024-STG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1066 CX AMSTERDAM
Pays-Bas
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.