Descrizione del progetto
Decifrare il legame dei fattori di trascrizione
I fattori di trascrizione sono di importanza clinica in quanto le loro mutazioni sono spesso associate a malattie e possono essere bersaglio di trattamenti. Capire perché un fattore di trascrizione si lega a una cromatina specifica potrebbe migliorare le previsioni cliniche e produrre terapie mirate. Tuttavia, attualmente non sono disponibili strumenti per misurare la cinetica biochimica degli eventi che legano i fattori di trascrizione. Il progetto TF-KINETIX, finanziato dal CER, è volto a sviluppare nuovi strumenti di proteomica e genomica per misurare la regolazione della cinetica del legame dei fattori di trascrizione al genoma cromatinizzato. A tal fine, decifrerà la cinetica di legame dell’intero genoma e dell’interattoma di tre fattori di trascrizione associati al cancro del polmone. Inoltre, progetterà modelli di legame predittivi per creare profili di legame dei fattori di trascrizione specifici per lo stato della cellula.
Obiettivo
Transcription factor binding is orchestrated by a complex interplay between DNA sequence, chromatin composition, protein interactions, and transcription factor concentration. These regulatory features determine the binding kinetics: how long it takes for a certain amount of transcription factor to associate, and subsequently dissociate from specific binding sites. These kinetics are in turn determined by the thermodynamic properties of each interaction.
It is currently not possible to measure the biochemical kinetics of transcription factor binding across the chromatinized genome inside the nucleus of a cell. To understand why a transcription factor binds to a specific chromatin:DNA-sequence context in a specific cellular state at a specific time, we need to measure how chromatin and DNA influence the biochemical parameters that underpin transcription factor binding. This gap in knowledge limits our functional understanding of why a binding event occurs, and it hampers accurate predictions of transcription factor binding.
Here, I will establish a novel proteomics and genomics toolkit to decipher the regulation of transcription factor binding kinetics to the chromatinized genome. I will resolve interactome- and genome-wide binding kinetics of three lung-cancer-associated transcription factors. By delineating association and dissociation rates, and changes in disorder and binding energy, of all binding events across the genome, I aim to obtain a quantitative understanding of how the proteome composition, epigenetic landscape, and genetic code dictate transcription factor binding. Finally, I will build predictive binding models to engineer cell-state-specific transcription factor binding profiles.
Together, this will transform our knowledge about transcription factor binding into a functional understanding where instead of observing, we understand why each binding event occurs when it occurs, and how we can steer these events.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine proteomica
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMMA PRINCIPALE
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) ERC-2024-STG
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
1066 CX AMSTERDAM
Paesi Bassi
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.