Descripción del proyecto
Determinar la función de las microproteínas en las respuestas inmunitarias
Los marcos de lectura abiertos pequeños en el genoma codifican para microproteínas, que suelen estar formadas por menos de cien aminoácidos. El papel emergente de estas moléculas pone en entredicho el concepto tradicional de la anotación genómica y revela una diversidad oculta de proteomas funcionales. En el proyecto MicroIMMUNE, financiado por el Consejo Europeo de Investigación, se propone cartografiar y estudiar las microproteínas de las células inmunitarias innatas. El equipo de investigación adoptará un planteamiento multidisciplinar para identificar microproteínas en diferentes condiciones y examinar su función. Se prevé que la investigación contribuya a dilucidar la repercusión de las microproteínas en las respuestas inmunitarias, lo cual podría allanar el camino a la identificación de nuevas dianas terapéuticas, como péptidos antimicrobianos y fármacos inmunomoduladores.
Objetivo
Genome annotation, transcriptomic and proteomic pipelines have traditionally dismissed proteins encoded by short open reading frames (sORF) known as microproteins. This provides a pool of unexplored functional genes. Despite the increasing body of work in identifying the microproteome in different model organisms and cell lines, only a few have been functionally studied showing diverse regulatory roles in multiple cellular pathways.
In MicroIMMUNE, I present a 3-aim workflow combining computational and synthetic biology, protein and genetic engineering approaches designed to systematically uncover the microproteome atlas and investigate its interactome and functional role in innate immune cells.
We aim to:
1) Identify microproteins expressed in innate immune cells under resting and stimulating conditions, using state-of-the-art computational and experimental approaches to study the microproteome.
2) Develop genetic code expansion technologies in innate immune cells to incorporate non-canonical amino acids to study the localization and binding partners of microproteins.
3) Elucidate the function of microproteins in innate immune cells by combining genetic engineering with an array of high-throughput functional assays and automated analysis pipelines.
Our research output will address key questions such as: What is the microproteome atlas in innate immune cells and how does it vary upon activation? Where are the microproteins localised and in which protein-protein interactions are they involved? What functions do different microproteins play in innate immune cells?
Understanding the role of microproteins in innate immune cells can revolutionise our understanding of the immune response at a fundamental level and open new avenues for therapeutic interventions in which new antimicrobial peptides or druggable targets could be discovered.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Programa(s)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Régimen de financiación
HORIZON-ERC - HORIZON ERC GrantsInstitución de acogida
901 87 Umea
Suecia