Descrizione del progetto
Mappare la funzione delle microproteine nelle risposte immunitarie
Le brevi cornici di lettura aperte del genoma generano microproteine che in genere sono composte da meno di 100 aminoacidi. Il ruolo emergente di queste molecole mette alla prova le concezioni tradizionali dell’annotazione genica e rivela una diversità nascosta dei proteomi funzionali. Il progetto MicroIMMUNE, finanziato dal CER, intende mappare e studiare le microproteine nelle cellule immunitarie innate. Con un approccio multidisciplinare, il team di ricerca individuerà le microproteine in varie condizioni e ne studierà i ruoli funzionali. Lo studio dovrebbe svelare l’impatto delle microproteine sulle risposte immunitarie, aprendo la strada all’identificazione di nuovi bersagli terapeutici, quali i peptidi antimicrobici e i farmaci immunomodulanti.
Obiettivo
Genome annotation, transcriptomic and proteomic pipelines have traditionally dismissed proteins encoded by short open reading frames (sORF) known as microproteins. This provides a pool of unexplored functional genes. Despite the increasing body of work in identifying the microproteome in different model organisms and cell lines, only a few have been functionally studied showing diverse regulatory roles in multiple cellular pathways.
In MicroIMMUNE, I present a 3-aim workflow combining computational and synthetic biology, protein and genetic engineering approaches designed to systematically uncover the microproteome atlas and investigate its interactome and functional role in innate immune cells.
We aim to:
1) Identify microproteins expressed in innate immune cells under resting and stimulating conditions, using state-of-the-art computational and experimental approaches to study the microproteome.
2) Develop genetic code expansion technologies in innate immune cells to incorporate non-canonical amino acids to study the localization and binding partners of microproteins.
3) Elucidate the function of microproteins in innate immune cells by combining genetic engineering with an array of high-throughput functional assays and automated analysis pipelines.
Our research output will address key questions such as: What is the microproteome atlas in innate immune cells and how does it vary upon activation? Where are the microproteins localised and in which protein-protein interactions are they involved? What functions do different microproteins play in innate immune cells?
Understanding the role of microproteins in innate immune cells can revolutionise our understanding of the immune response at a fundamental level and open new avenues for therapeutic interventions in which new antimicrobial peptides or druggable targets could be discovered.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Programma(i)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Argomento(i)
Invito a presentare proposte
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901 87 Umea
Svezia