Projektbeschreibung
Die Funktion von Mikroproteinen bei Immunreaktionen kartieren
Kurze offene Leseraster im Genom erzeugen Mikroproteine, die normalerweise aus weniger als 100 Aminosäuren bestehen. Die sich abzeichnende Rolle dieser Moleküle stellt die traditionellen Ansichten der Genannotation infrage und offenbart eine verborgene Vielfalt funktioneller Proteome. Ziel des ERC-finanzierten Projekts MicroIMMUNE ist die Kartierung und Untersuchung von Mikroproteinen in angeborenen Immunzellen. Durch einen multidisziplinären Ansatz wird das Forschungsteam Mikroproteine unter verschiedenen Bedingungen bestimmen und ihre funktionelle Rolle untersuchen. Die Studie dürfte die Auswirkungen von Mikroproteinen auf Immunreaktionen entschlüsseln und damit den Weg für die Bestimmung neuer therapeutischer Ziele wie antimikrobieller Peptide und immunmodulierender Medikamente ebnen.
Ziel
Genome annotation, transcriptomic and proteomic pipelines have traditionally dismissed proteins encoded by short open reading frames (sORF) known as microproteins. This provides a pool of unexplored functional genes. Despite the increasing body of work in identifying the microproteome in different model organisms and cell lines, only a few have been functionally studied showing diverse regulatory roles in multiple cellular pathways.
In MicroIMMUNE, I present a 3-aim workflow combining computational and synthetic biology, protein and genetic engineering approaches designed to systematically uncover the microproteome atlas and investigate its interactome and functional role in innate immune cells.
We aim to:
1) Identify microproteins expressed in innate immune cells under resting and stimulating conditions, using state-of-the-art computational and experimental approaches to study the microproteome.
2) Develop genetic code expansion technologies in innate immune cells to incorporate non-canonical amino acids to study the localization and binding partners of microproteins.
3) Elucidate the function of microproteins in innate immune cells by combining genetic engineering with an array of high-throughput functional assays and automated analysis pipelines.
Our research output will address key questions such as: What is the microproteome atlas in innate immune cells and how does it vary upon activation? Where are the microproteins localised and in which protein-protein interactions are they involved? What functions do different microproteins play in innate immune cells?
Understanding the role of microproteins in innate immune cells can revolutionise our understanding of the immune response at a fundamental level and open new avenues for therapeutic interventions in which new antimicrobial peptides or druggable targets could be discovered.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- NaturwissenschaftenBiowissenschaftenBiochemieBiomoleküleProteine
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- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
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