Algorithms for Structural Variation Analysis in Challenging Genomic Regions

Projektinformationen

ASVA-CGR

ID Finanzhilfevereinbarung: 101180581

DOI

10.3030/101180581

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 25 Juni 2024

Startdatum 1 September 2024

Enddatum 31 August 2026

Finanziert unter

• Widening participation and spreading excellence

Gesamtkosten

Keine Daten

EU-Beitrag

€ 149 219,52

Koordiniert durch

UNIVERZITA KOMENSKEHO V BRATISLAVE
Slovakia

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Documents, reports (1)

Communication, Dissemination & Exploitation Plan

The plan describes the planned measures to maximize the impact ofthe project, including the dissemination and exploitation measures that areplanned, and the target group(s) addressed. Regarding communication measuresand public engagement strategy, the aim is to inform and reach out to society andshow the activities performed, and the use and the benefits the project will have forcitizens.

Data Management Plan (1)

Data Management Plan

The Data Management Plan describes the data management life cyclefor all data sets that will be collected, processed or generated by the action. It is adocument describing what data will be collected, processed or generated andfollowing what methodology and standards, whether and how this data will beshared and/or made open, and how it will be curated and preserved.

Veröffentlichungen

Conference proceedings (3)

Weighted de novo clustering of third-generation transcriptomic datasets

Autoren: Luca Denti and Yoshihiro Shibuya
Veröffentlicht in: Proceedings of the 25th Conference Information Technologies – Applications and Theory, 2025
Herausgeber: CEUR Workshop Proceedings

Pangenome Graph Indexing via the Multidollar-BWT

Autoren: Davide Cozzi, Brian Riccardi, Luca Denti, Simone Ciccolella, Kunihiko Sadakane, Paola Bonizzoni
Veröffentlicht in: Proceedings of the 23rd International Symposium on Experimental Algorithms, 2025
Herausgeber: Schloss Dagstuhl-Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing
DOI: 10.4230/LIPICS.SEA.2025.13

Efficient Algorithms for Pangenome Personalization

Autoren: Denys Andrukhovskyi, Martin Madzin, Luca Denti, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Veröffentlicht in: Proceedings of the 26th International Conference on Algorithms for Bioinformatics
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/LIPICS.WABI.2026.8

Peer reviewed articles (2)

Differential quantification of alternative splicing events on spliced pangenome graphs

Autoren: Simone Ciccolella, Davide Cozzi, Gianluca Della Vedova, Stephen Njuguna Kuria, Paola Bonizzoni, Luca Denti
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 20, 2024, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/JOURNAL.PCBI.1012665

Alignment-free detection of differences between sequencing datasets

Autoren: Alessia Petescia, Luca Denti, Askar Gafurov, Viktória Hodorová, Jozef Nosek, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 28, 2026, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.ISCI.2025.113828