Description du projet
Microscopie 3D basée sur le séquençage pour les cartes moléculaires spatiales
Les techniques actuelles d’imagerie moléculaire et de transcriptomique spatiale sont coûteuses, leur débit est limité et elles sont restreintes par leur nature bidimensionnelle inhérente. Le projet VOLUMINEX, financé par l’UE, entend développer une méthode de microscopie 3D basée sur le séquençage pour créer des cartes moléculaires spatiales à l’aide de réseaux de codes-barres d’ADN. Ce procédé commence par des échantillons de tissus et fournit des images moléculaires abordables, rendant l’imagerie avancée plus accessible aux chercheurs et aux diagnostics cliniques. Le projet appliquera cette technologie aux organoïdes avec l’aide de chercheurs en sciences de la vie.. Les partenaires du projet développeront également des algorithmes destinés à relever les défis informatiques. Le but est de rendre l’imagerie spatiale et transcriptomique complète abordable et accessible.
Objectif
Current molecular imaging and spatial transcriptomics methods are limited in throughput and affordability, and are constrained by inherent 2-dimensionality. We propose the Volumetric UMI Network Explorer (VOLUMINEX), a 3D implementation of sequencing-based microscopy. This radical alternative to optical imaging builds spatial molecular maps by sequencing DNA barcode networks where each node is a clonally amplified DNA patch, and each edge indicates inter-node proximity. The resulting network reveals gene identities along with their locations without a reference map. We propose an end-to-end pipeline starting with a tissue, followed by enzymatic processing steps, and ending with sequencing and a computational reconstruction to form a molecular image. We envision this procedure as an off-the-shelf commercial kit, offering an inexpensive alternative to advanced imaging instrumentation, expanding access to more researchers and potentially even clinical diagnostic settings. We are led by a Stockholm-based tech-dev team with seminal contributions to the field of sequencing-based microscopy, and a Stockholm-based company Single Technologies AB with a proprietary 3D sequencing device uniquely suited for validating our technology. We have partnered with an Utrecht-based team of life scientists to develop and deploy our technology on organoids, a rich controllable model tissue-like system perfect for exploring 3D biological imaging. Finally, at the heart of the project are undiscovered laws and physical principles which we aim to uncover and exploit with our Paris-based team of theoreticians, who will develop optimisation, graph theory, and machine learning algorithms to tackle the challenging computational problem of spatial reconstruction presented by sequencing-based microscopy. Through VOLUMINEX, we aim to kick off a new era of molecular imaging where comprehensive spatial and transcriptomic data is accessible, affordable, and 3-dimensional.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
- sciences naturellessciences biologiquesgénétiqueADN
- sciences naturellessciences physiquesoptiquemicroscopie
Vous devez vous identifier ou vous inscrire pour utiliser cette fonction
Mots‑clés
Programme(s)
- HORIZON.3.1 - The European Innovation Council (EIC) Main Programme
Appel à propositions
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-EIC-2024-PATHFINDEROPEN-01
Voir d’autres projets de cet appelRégime de financement
HORIZON-EIC - HORIZON EIC GrantsCoordinateur
100 44 Stockholm
Suède